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CMMDE
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A series of Python3 script to lower the barrier of computing and simulating molecular and material systems.
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from 'd13219a596'
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CMMDE/examples/larutan/UreaAir/SistemLarutan/system_GMX.top

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2 years ago
; system_GMX.top created by acpype (v: 2021-02-05T22:15:50CET) on Thu Apr 28 23:05:06 2022
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333
[ atomtypes ]
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104
ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000
c2 c2 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100
n n 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
hn hn 0.00000 0.00000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 ; 0.60 0.0157
[ moleculetype ]
;name nrexcl
system 3
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
1 oh 1 SLV O 1 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.715
2 ho 1 SLV H 2 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
3 ho 1 SLV H1 3 0.357425 1.00800 ; qtot 0.000
4 oh 2 SLV O 4 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.715
5 ho 2 SLV H 5 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
6 ho 2 SLV H1 6 0.357425 1.00800 ; qtot 0.000
7 oh 3 SLV O 7 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
8 ho 3 SLV H 8 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
9 ho 3 SLV H1 9 0.357425 1.00800 ; qtot 0.000
10 oh 4 SLV O 10 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
11 ho 4 SLV H 11 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
12 ho 4 SLV H1 12 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
13 oh 5 SLV O 13 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
14 ho 5 SLV H 14 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
15 ho 5 SLV H1 15 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
16 oh 6 SLV O 16 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
17 ho 6 SLV H 17 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
18 ho 6 SLV H1 18 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
19 oh 7 SLV O 19 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
20 ho 7 SLV H 20 0.357425 1.00800 ; qtot -0.357
21 ho 7 SLV H1 21 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
22 oh 8 SLV O 22 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
23 ho 8 SLV H 23 0.357425 1.00800 ; qtot -0.356
24 ho 8 SLV H1 24 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
25 oh 9 SLV O 25 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
26 ho 9 SLV H 26 0.357425 1.00800 ; qtot -0.356
27 ho 9 SLV H1 27 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
28 oh 10 SLV O 28 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.714
29 ho 10 SLV H 29 0.357425 1.00800 ; qtot -0.356
30 ho 10 SLV H1 30 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
31 oh 11 SLV O 31 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
32 ho 11 SLV H 32 0.357425 1.00800 ; qtot -0.356
33 ho 11 SLV H1 33 0.357425 1.00800 ; qtot 0.001
34 oh 12 SLV O 34 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
35 ho 12 SLV H 35 0.357425 1.00800 ; qtot -0.356
36 ho 12 SLV H1 36 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
37 oh 13 SLV O 37 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
38 ho 13 SLV H 38 0.357425 1.00800 ; qtot -0.356
39 ho 13 SLV H1 39 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
40 oh 14 SLV O 40 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
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42 ho 14 SLV H1 42 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
43 oh 15 SLV O 43 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
44 ho 15 SLV H 44 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
45 ho 15 SLV H1 45 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
46 oh 16 SLV O 46 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
47 ho 16 SLV H 47 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
48 ho 16 SLV H1 48 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
49 oh 17 SLV O 49 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
50 ho 17 SLV H 50 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
51 ho 17 SLV H1 51 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
52 oh 18 SLV O 52 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.713
53 ho 18 SLV H 53 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
54 ho 18 SLV H1 54 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
55 oh 19 SLV O 55 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
56 ho 19 SLV H 56 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
57 ho 19 SLV H1 57 0.357425 1.00800 ; qtot 0.002
58 oh 20 SLV O 58 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
59 ho 20 SLV H 59 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
60 ho 20 SLV H1 60 0.357425 1.00800 ; qtot 0.003
61 oh 21 SLV O 61 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
62 ho 21 SLV H 62 0.357425 1.00800 ; qtot -0.355
63 ho 21 SLV H1 63 0.357425 1.00800 ; qtot 0.003
64 oh 22 SLV O 64 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
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67 oh 23 SLV O 67 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
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69 ho 23 SLV H1 69 0.357425 1.00800 ; qtot 0.003
70 oh 24 SLV O 70 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
71 ho 24 SLV H 71 0.357425 1.00800 ; qtot -0.354
72 ho 24 SLV H1 72 0.357425 1.00800 ; qtot 0.003
73 oh 25 SLV O 73 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.712
74 ho 25 SLV H 74 0.357425 1.00800 ; qtot -0.354
75 ho 25 SLV H1 75 0.357425 1.00800 ; qtot 0.003
76 oh 26 SLV O 76 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
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78 ho 26 SLV H1 78 0.357425 1.00800 ; qtot 0.003
79 oh 27 SLV O 79 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
80 ho 27 SLV H 80 0.357425 1.00800 ; qtot -0.354
81 ho 27 SLV H1 81 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
82 oh 28 SLV O 82 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
83 ho 28 SLV H 83 0.357425 1.00800 ; qtot -0.354
84 ho 28 SLV H1 84 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
85 oh 29 SLV O 85 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
86 ho 29 SLV H 86 0.357425 1.00800 ; qtot -0.354
87 ho 29 SLV H1 87 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
88 oh 30 SLV O 88 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
89 ho 30 SLV H 89 0.357425 1.00800 ; qtot -0.354
90 ho 30 SLV H1 90 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
91 oh 31 SLV O 91 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
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93 ho 31 SLV H1 93 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
94 oh 32 SLV O 94 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
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97 oh 33 SLV O 97 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.711
98 ho 33 SLV H 98 0.357425 1.00800 ; qtot -0.353
99 ho 33 SLV H1 99 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
100 oh 34 SLV O 100 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
101 ho 34 SLV H 101 0.357425 1.00800 ; qtot -0.353
102 ho 34 SLV H1 102 0.357425 1.00800 ; qtot 0.004
103 oh 35 SLV O 103 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
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108 ho 36 SLV H1 108 0.357425 1.00800 ; qtot 0.005
109 oh 37 SLV O 109 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
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112 oh 38 SLV O 112 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
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114 ho 38 SLV H1 114 0.357425 1.00800 ; qtot 0.005
115 oh 39 SLV O 115 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
116 ho 39 SLV H 116 0.357425 1.00800 ; qtot -0.352
117 ho 39 SLV H1 117 0.357425 1.00800 ; qtot 0.005
118 oh 40 SLV O 118 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
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121 oh 41 SLV O 121 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.710
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124 oh 42 SLV O 124 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
125 ho 42 SLV H 125 0.357425 1.00800 ; qtot -0.352
126 ho 42 SLV H1 126 0.357425 1.00800 ; qtot 0.005
127 oh 43 SLV O 127 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
128 ho 43 SLV H 128 0.357425 1.00800 ; qtot -0.352
129 ho 43 SLV H1 129 0.357425 1.00800 ; qtot 0.006
130 oh 44 SLV O 130 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
131 ho 44 SLV H 131 0.357425 1.00800 ; qtot -0.352
132 ho 44 SLV H1 132 0.357425 1.00800 ; qtot 0.006
133 oh 45 SLV O 133 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
134 ho 45 SLV H 134 0.357425 1.00800 ; qtot -0.352
135 ho 45 SLV H1 135 0.357425 1.00800 ; qtot 0.006
136 oh 46 SLV O 136 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
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139 oh 47 SLV O 139 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
140 ho 47 SLV H 140 0.357425 1.00800 ; qtot -0.351
141 ho 47 SLV H1 141 0.357425 1.00800 ; qtot 0.006
142 oh 48 SLV O 142 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.709
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145 oh 49 SLV O 145 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.708
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154 oh 52 SLV O 154 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.708
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163 oh 55 SLV O 163 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.708
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168 ho 56 SLV H1 168 0.357425 1.00800 ; qtot 0.007
169 oh 57 SLV O 169 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.707
170 ho 57 SLV H 170 0.357425 1.00800 ; qtot -0.350
171 ho 57 SLV H1 171 0.357425 1.00800 ; qtot 0.007
172 oh 58 SLV O 172 -0.714720 16.00000 ; qtot -0.707
173 ho 58 SLV H 173 0.357425 1.00800 ; qtot -0.350
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238 240 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
241 242 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
241 243 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
244 245 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
244 246 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
247 248 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
247 249 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
250 251 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
250 252 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
253 254 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
253 255 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
256 257 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
256 258 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
259 260 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
259 261 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
262 263 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
262 264 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
265 266 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
265 267 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
268 269 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
268 270 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
271 272 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
271 273 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
274 275 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
274 276 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
277 278 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
277 279 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
280 281 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
280 282 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
283 284 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
283 285 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
286 287 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
286 288 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
289 290 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
289 291 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
292 293 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
292 294 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
295 296 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
295 297 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
298 299 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H
298 300 1 9.7300e-02 3.1079e+05 ; O - H1
301 302 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
301 303 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
301 304 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
303 305 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
303 306 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
304 307 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
304 308 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
309 310 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
309 311 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
309 312 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
311 313 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
311 314 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
312 315 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
312 316 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
317 318 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
317 319 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
317 320 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
319 321 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
319 322 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
320 323 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
320 324 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
325 326 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
325 327 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
325 328 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
327 329 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
327 330 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
328 331 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
328 332 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
333 334 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
333 335 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
333 336 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
335 337 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
335 338 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
336 339 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
336 340 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
341 342 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
341 343 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
341 344 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
343 345 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
343 346 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
344 347 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
344 348 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
349 350 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
349 351 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
349 352 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
351 353 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
351 354 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
352 355 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
352 356 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
357 358 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
357 359 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
357 360 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
359 361 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
359 362 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
360 363 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
360 364 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
365 366 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
365 367 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
365 368 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
367 369 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
367 370 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
368 371 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
368 372 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
373 374 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
373 375 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
373 376 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
375 377 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
375 378 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
376 379 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
376 380 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
381 382 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
381 383 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
381 384 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
383 385 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
383 386 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
384 387 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
384 388 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
389 390 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
389 391 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
389 392 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
391 393 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
391 394 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
392 395 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
392 396 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
397 398 1 1.2247e-01 5.2124e+05 ; C - O
397 399 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N
397 400 1 1.3994e-01 3.3480e+05 ; C - N1
399 401 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H
399 402 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N - H1
400 403 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H2
400 404 1 1.0129e-01 3.3740e+05 ; N1 - H3
[ pairs ]
; ai aj funct
302 305 1 ; O - H
302 306 1 ; O - H1
302 307 1 ; O - H2
302 308 1 ; O - H3
303 307 1 ; N - H2
303 308 1 ; N - H3
304 305 1 ; N1 - H
304 306 1 ; N1 - H1
310 313 1 ; O - H
310 314 1 ; O - H1
310 315 1 ; O - H2
310 316 1 ; O - H3
311 315 1 ; N - H2
311 316 1 ; N - H3
312 313 1 ; N1 - H
312 314 1 ; N1 - H1
318 321 1 ; O - H
318 322 1 ; O - H1
318 323 1 ; O - H2
318 324 1 ; O - H3
319 323 1 ; N - H2
319 324 1 ; N - H3
320 321 1 ; N1 - H
320 322 1 ; N1 - H1
326 329 1 ; O - H
326 330 1 ; O - H1
326 331 1 ; O - H2
326 332 1 ; O - H3
327 331 1 ; N - H2
327 332 1 ; N - H3
328 329 1 ; N1 - H
328 330 1 ; N1 - H1
334 337 1 ; O - H
334 338 1 ; O - H1
334 339 1 ; O - H2
334 340 1 ; O - H3
335 339 1 ; N - H2
335 340 1 ; N - H3
336 337 1 ; N1 - H
336 338 1 ; N1 - H1
342 345 1 ; O - H
342 346 1 ; O - H1
342 347 1 ; O - H2
342 348 1 ; O - H3
343 347 1 ; N - H2
343 348 1 ; N - H3
344 345 1 ; N1 - H
344 346 1 ; N1 - H1
350 353 1 ; O - H
350 354 1 ; O - H1
350 355 1 ; O - H2
350 356 1 ; O - H3
351 355 1 ; N - H2
351 356 1 ; N - H3
352 353 1 ; N1 - H
352 354 1 ; N1 - H1
358 361 1 ; O - H
358 362 1 ; O - H1
358 363 1 ; O - H2
358 364 1 ; O - H3
359 363 1 ; N - H2
359 364 1 ; N - H3
360 361 1 ; N1 - H
360 362 1 ; N1 - H1
366 369 1 ; O - H
366 370 1 ; O - H1
366 371 1 ; O - H2
366 372 1 ; O - H3
367 371 1 ; N - H2
367 372 1 ; N - H3
368 369 1 ; N1 - H
368 370 1 ; N1 - H1
374 377 1 ; O - H
374 378 1 ; O - H1
374 379 1 ; O - H2
374 380 1 ; O - H3
375 379 1 ; N - H2
375 380 1 ; N - H3
376 377 1 ; N1 - H
376 378 1 ; N1 - H1
382 385 1 ; O - H
382 386 1 ; O - H1
382 387 1 ; O - H2
382 388 1 ; O - H3
383 387 1 ; N - H2
383 388 1 ; N - H3
384 385 1 ; N1 - H
384 386 1 ; N1 - H1
390 393 1 ; O - H
390 394 1 ; O - H1
390 395 1 ; O - H2
390 396 1 ; O - H3
391 395 1 ; N - H2
391 396 1 ; N - H3
392 393 1 ; N1 - H
392 394 1 ; N1 - H1
398 401 1 ; O - H
398 402 1 ; O - H1
398 403 1 ; O - H2
398 404 1 ; O - H3
399 403 1 ; N - H2
399 404 1 ; N - H3
400 401 1 ; N1 - H
400 402 1 ; N1 - H1
[ angles ]
; ai aj ak funct theta cth
2 1 3 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
5 4 6 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
8 7 9 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
11 10 12 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
14 13 15 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
17 16 18 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
20 19 21 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
23 22 24 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
26 25 27 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
29 28 30 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
32 31 33 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
35 34 36 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
38 37 39 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
41 40 42 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
44 43 45 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
47 46 48 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
50 49 51 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
53 52 54 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
56 55 57 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
59 58 60 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
62 61 63 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
65 64 66 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
68 67 69 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
71 70 72 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
74 73 75 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
77 76 78 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
80 79 81 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
83 82 84 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
86 85 87 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
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318 317 319 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N
318 317 320 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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325 327 329 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
325 327 330 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
325 328 331 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H2
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326 325 328 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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333 335 337 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
333 335 338 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
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342 341 344 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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350 349 352 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
351 349 352 1 1.1323e+02 6.0166e+02 ; N - C - N1
353 351 354 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H - N - H1
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357 359 362 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
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358 357 360 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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365 367 370 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
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366 365 368 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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373 375 378 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
373 376 379 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H2
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374 373 376 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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381 383 385 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
381 383 386 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
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382 381 383 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N
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383 381 384 1 1.1323e+02 6.0166e+02 ; N - C - N1
385 383 386 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H - N - H1
387 384 388 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H2 - N1 - H3
389 391 393 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
389 391 394 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
389 392 395 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H2
389 392 396 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H3
390 389 391 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N
390 389 392 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
391 389 392 1 1.1323e+02 6.0166e+02 ; N - C - N1
393 391 394 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H - N - H1
395 392 396 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H2 - N1 - H3
397 399 401 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
397 399 402 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
397 400 403 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H2
397 400 404 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H3
398 397 399 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N
398 397 400 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
399 397 400 1 1.1323e+02 6.0166e+02 ; N - C - N1
401 399 402 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H - N - H1
403 400 404 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H2 - N1 - H3
[ dihedrals ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
; i j k l func phase kd pn
302 301 303 305 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
302 301 303 306 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
302 301 304 307 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
302 301 304 308 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
303 301 304 307 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
303 301 304 308 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
304 301 303 305 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
304 301 303 306 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
310 309 311 313 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
310 309 311 314 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
310 309 312 315 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
310 309 312 316 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
311 309 312 315 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
311 309 312 316 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
312 309 311 313 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
312 309 311 314 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
318 317 319 321 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
318 317 319 322 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
318 317 320 323 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
318 317 320 324 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
319 317 320 323 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
319 317 320 324 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
320 317 319 321 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
320 317 319 322 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
326 325 327 329 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
326 325 327 330 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
326 325 328 331 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
326 325 328 332 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
327 325 328 331 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
327 325 328 332 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
328 325 327 329 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
328 325 327 330 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
334 333 335 337 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
334 333 335 338 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
334 333 336 339 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
334 333 336 340 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
335 333 336 339 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
335 333 336 340 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
336 333 335 337 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
336 333 335 338 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
342 341 343 345 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
342 341 343 346 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
342 341 344 347 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
342 341 344 348 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
343 341 344 347 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
343 341 344 348 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
344 341 343 345 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
344 341 343 346 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
350 349 351 353 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
350 349 351 354 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
350 349 352 355 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
350 349 352 356 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
351 349 352 355 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
351 349 352 356 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
352 349 351 353 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
352 349 351 354 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
358 357 359 361 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
358 357 359 362 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
358 357 360 363 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
358 357 360 364 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
359 357 360 363 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
359 357 360 364 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
360 357 359 361 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
360 357 359 362 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
366 365 367 369 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
366 365 367 370 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
366 365 368 371 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
366 365 368 372 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
367 365 368 371 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
367 365 368 372 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
368 365 367 369 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
368 365 367 370 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
374 373 375 377 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
374 373 375 378 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
374 373 376 379 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
374 373 376 380 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
375 373 376 379 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
375 373 376 380 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
376 373 375 377 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
376 373 375 378 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
382 381 383 385 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
382 381 383 386 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
382 381 384 387 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
382 381 384 388 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
383 381 384 387 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
383 381 384 388 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
384 381 383 385 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
384 381 383 386 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
390 389 391 393 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
390 389 391 394 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
390 389 392 395 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
390 389 392 396 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
391 389 392 395 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
391 389 392 396 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
392 389 391 393 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
392 389 391 394 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
398 397 399 401 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H
398 397 399 402 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N- H1
398 397 400 403 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H2
398 397 400 404 9 180.00 2.71960 2 ; O- C- N1- H3
399 397 400 403 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H2
399 397 400 404 9 180.00 2.71960 2 ; N- C- N1- H3
400 397 399 401 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H
400 397 399 402 9 180.00 2.71960 2 ; N1- C- N- H1
[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
; i j k l func phase kd pn
301 305 303 306 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
301 307 304 308 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
303 304 301 302 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
309 313 311 314 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
309 315 312 316 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
311 312 309 310 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
317 321 319 322 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
317 323 320 324 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
319 320 317 318 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
325 329 327 330 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
325 331 328 332 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
327 328 325 326 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
333 337 335 338 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
333 339 336 340 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
335 336 333 334 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
341 345 343 346 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
341 347 344 348 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
343 344 341 342 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
349 353 351 354 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
349 355 352 356 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
351 352 349 350 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
357 361 359 362 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
357 363 360 364 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
359 360 357 358 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
365 369 367 370 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
365 371 368 372 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
367 368 365 366 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
373 377 375 378 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
373 379 376 380 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
375 376 373 374 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
381 385 383 386 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
381 387 384 388 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
383 384 381 382 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
389 393 391 394 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
389 395 392 396 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
391 392 389 390 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
397 401 399 402 4 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
397 403 400 404 4 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
399 400 397 398 4 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
[ system ]
system
[ molecules ]
; Compound nmols
system 1