update

bin/cmmde.py

@@ -70,7 +70,7 @@ parser.add_argument('-ctype','--charge_type',type=str, default='gas', help='Tipe
 parser.add_argument('-Nump','--NumPelarut', type=int, default=100, help='Jumlah molekul pelarut maksimum dalam sistem larutan. Default = 100.')
 parser.add_argument('-cat','--cation',type=str, default='none',help='Kation yang digunakan untuk menetralkan muatan sistem larutan.')
 parser.add_argument('-p', '--pressure', default=1.0, type=float, help='Tekanan dalam satuan bar')
-parser.add_argument('--packmol', type=str, default='/home/adit/opt/packmol/packmol')
+parser.add_argument('--packmol', type=str, default='packmol')
 # Opsi untuk melakukan restart simulasi MD
 parser.add_argument('-traj','--traject',type=str, default='../NVT/traject',help='File trayektori dari simulasi sebelumnya')
 parser.add_argument('-vel','--velocity',type=str, default='../NVT/velocity',help='File kecepatan atom dari simulasi sebelumnya')
@@ -464,8 +464,9 @@ mv traject traject.xyz""".format(opt.nproc),file=fout)
     os.system('sbatch run.sh')
 
 if opt.software == 'gromacs':
-    with open('run.sh','w') as fout:
-        print("""#!/bin/bash
+	if opt.slurm == 'true':
+		with open('run.sh','w') as fout:
+			print("""#!/bin/bash
 #SBATCH --nodes=1
 #SBATCH --ntasks=1
 #SBATCH --cpus-per-task=1
@@ -473,7 +474,16 @@ if opt.software == 'gromacs':
 export OMP_NUM_THREADS={}
 cd $PWD
 $GROMACS_COMMAND -mt {} -mp {} -ct {} -pt {} -pp {} -l {} -cat {} -gen {} -Nump {} -prod {} -nprod {} -nequil {} -dt {} -ctype  {} -nnpt {} -comp {}""".format(opt.nproc, opt.terlarut,opt.pelarut,opt.c_terlarut,opt.persen_terlarut,opt.persen_pelarut,opt.lapang,opt.cation,opt.generate_dftbinp,opt.NumPelarut,opt.production,opt.nprod,opt.nequil,opt.deltat,opt.charge_type,opt.nnpt,opt.compress),file=fout)
-    os.system('sbatch run.sh')
+		os.system('sbatch run.sh')
+	else:
+		with open('run.sh','w') as fout:
+			print("""#!/bin/bash
+export OMP_NUM_THREADS={}
+cd $PWD
+$GROMACS_COMMAND -mt {} -mp {} -ct {} -pt {} -pp {} -l {} -cat {} -gen {} -Nump {} -prod {} -nprod {} -nequil {} -dt {} -ctype  {} -nnpt {} -comp {}""".format(opt.nproc, opt.terlarut,opt.pelarut,opt.c_terlarut,opt.persen_terlarut,opt.persen_pelarut,opt.lapang,opt.cation,opt.generate_dftbinp,opt.NumPelarut,opt.production,opt.nprod,opt.nequil,opt.deltat,opt.charge_type,opt.nnpt,opt.compress),file=fout)
+		os.system('chmod +x run.sh')
+		os.system('./run.sh')		
+
 
 if opt.job == 'proprep' and opt.software == 'gmx':
     proprep(opt.protein)