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CMMDE
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A series of Python3 script to lower the barrier of computing and simulating molecular and material systems.
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Tag: Branch: Tree: 2c2202de0b
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CMMDE/examples/larutan/UreaAirAmonia/SistemLarutan/system_GMX.top

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; system_GMX.top created by acpype (Rev: 0) on Tue Jun 7 16:54:15 2022
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333
[ atomtypes ]
;name bond_type mass charge ptype sigma epsilon Amb
oh oh 0.00000 0.00000 A 3.06647e-01 8.80314e-01 ; 1.72 0.2104
ho ho 0.00000 0.00000 A 0.00000e+00 0.00000e+00 ; 0.00 0.0000
c2 c2 0.00000 0.00000 A 3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91 0.0860
o o 0.00000 0.00000 A 2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66 0.2100
n n 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
hn hn 0.00000 0.00000 A 1.06908e-01 6.56888e-02 ; 0.60 0.0157
n3 n3 0.00000 0.00000 A 3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82 0.1700
[ moleculetype ]
;name nrexcl
system 3
[ atoms ]
; nr type resi res atom cgnr charge mass ; qtot bond_type
1 oh 1 SLV O 1 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.383
2 ho 1 SLV H 2 0.191000 1.00800 ; qtot -0.192
3 ho 1 SLV H1 3 0.191000 1.00800 ; qtot -0.001
4 oh 2 SLV O 4 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.384
5 ho 2 SLV H 5 0.191000 1.00800 ; qtot -0.193
6 ho 2 SLV H1 6 0.191000 1.00800 ; qtot -0.002
7 oh 3 SLV O 7 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.385
8 ho 3 SLV H 8 0.191000 1.00800 ; qtot -0.194
9 ho 3 SLV H1 9 0.191000 1.00800 ; qtot -0.003
10 oh 4 SLV O 10 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.386
11 ho 4 SLV H 11 0.191000 1.00800 ; qtot -0.195
12 ho 4 SLV H1 12 0.191000 1.00800 ; qtot -0.004
13 oh 5 SLV O 13 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.387
14 ho 5 SLV H 14 0.191000 1.00800 ; qtot -0.196
15 ho 5 SLV H1 15 0.191000 1.00800 ; qtot -0.005
16 oh 6 SLV O 16 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.388
17 ho 6 SLV H 17 0.191000 1.00800 ; qtot -0.197
18 ho 6 SLV H1 18 0.191000 1.00800 ; qtot -0.006
19 oh 7 SLV O 19 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.389
20 ho 7 SLV H 20 0.191000 1.00800 ; qtot -0.198
21 ho 7 SLV H1 21 0.191000 1.00800 ; qtot -0.007
22 oh 8 SLV O 22 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.390
23 ho 8 SLV H 23 0.191000 1.00800 ; qtot -0.199
24 ho 8 SLV H1 24 0.191000 1.00800 ; qtot -0.008
25 oh 9 SLV O 25 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.391
26 ho 9 SLV H 26 0.191000 1.00800 ; qtot -0.200
27 ho 9 SLV H1 27 0.191000 1.00800 ; qtot -0.009
28 oh 10 SLV O 28 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.392
29 ho 10 SLV H 29 0.191000 1.00800 ; qtot -0.201
30 ho 10 SLV H1 30 0.191000 1.00800 ; qtot -0.010
31 oh 11 SLV O 31 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.393
32 ho 11 SLV H 32 0.191000 1.00800 ; qtot -0.202
33 ho 11 SLV H1 33 0.191000 1.00800 ; qtot -0.011
34 oh 12 SLV O 34 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.394
35 ho 12 SLV H 35 0.191000 1.00800 ; qtot -0.203
36 ho 12 SLV H1 36 0.191000 1.00800 ; qtot -0.012
37 oh 13 SLV O 37 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.395
38 ho 13 SLV H 38 0.191000 1.00800 ; qtot -0.204
39 ho 13 SLV H1 39 0.191000 1.00800 ; qtot -0.013
40 oh 14 SLV O 40 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.396
41 ho 14 SLV H 41 0.191000 1.00800 ; qtot -0.205
42 ho 14 SLV H1 42 0.191000 1.00800 ; qtot -0.014
43 oh 15 SLV O 43 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.397
44 ho 15 SLV H 44 0.191000 1.00800 ; qtot -0.206
45 ho 15 SLV H1 45 0.191000 1.00800 ; qtot -0.015
46 oh 16 SLV O 46 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.398
47 ho 16 SLV H 47 0.191000 1.00800 ; qtot -0.207
48 ho 16 SLV H1 48 0.191000 1.00800 ; qtot -0.016
49 oh 17 SLV O 49 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.399
50 ho 17 SLV H 50 0.191000 1.00800 ; qtot -0.208
51 ho 17 SLV H1 51 0.191000 1.00800 ; qtot -0.017
52 oh 18 SLV O 52 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.400
53 ho 18 SLV H 53 0.191000 1.00800 ; qtot -0.209
54 ho 18 SLV H1 54 0.191000 1.00800 ; qtot -0.018
55 oh 19 SLV O 55 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.401
56 ho 19 SLV H 56 0.191000 1.00800 ; qtot -0.210
57 ho 19 SLV H1 57 0.191000 1.00800 ; qtot -0.019
58 oh 20 SLV O 58 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.402
59 ho 20 SLV H 59 0.191000 1.00800 ; qtot -0.211
60 ho 20 SLV H1 60 0.191000 1.00800 ; qtot -0.020
61 oh 21 SLV O 61 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.403
62 ho 21 SLV H 62 0.191000 1.00800 ; qtot -0.212
63 ho 21 SLV H1 63 0.191000 1.00800 ; qtot -0.021
64 oh 22 SLV O 64 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.404
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66 ho 22 SLV H1 66 0.191000 1.00800 ; qtot -0.022
67 oh 23 SLV O 67 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.405
68 ho 23 SLV H 68 0.191000 1.00800 ; qtot -0.214
69 ho 23 SLV H1 69 0.191000 1.00800 ; qtot -0.023
70 oh 24 SLV O 70 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.406
71 ho 24 SLV H 71 0.191000 1.00800 ; qtot -0.215
72 ho 24 SLV H1 72 0.191000 1.00800 ; qtot -0.024
73 oh 25 SLV O 73 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.407
74 ho 25 SLV H 74 0.191000 1.00800 ; qtot -0.216
75 ho 25 SLV H1 75 0.191000 1.00800 ; qtot -0.025
76 oh 26 SLV O 76 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.408
77 ho 26 SLV H 77 0.191000 1.00800 ; qtot -0.217
78 ho 26 SLV H1 78 0.191000 1.00800 ; qtot -0.026
79 oh 27 SLV O 79 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.409
80 ho 27 SLV H 80 0.191000 1.00800 ; qtot -0.218
81 ho 27 SLV H1 81 0.191000 1.00800 ; qtot -0.027
82 oh 28 SLV O 82 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.410
83 ho 28 SLV H 83 0.191000 1.00800 ; qtot -0.219
84 ho 28 SLV H1 84 0.191000 1.00800 ; qtot -0.028
85 oh 29 SLV O 85 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.411
86 ho 29 SLV H 86 0.191000 1.00800 ; qtot -0.220
87 ho 29 SLV H1 87 0.191000 1.00800 ; qtot -0.029
88 oh 30 SLV O 88 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.412
89 ho 30 SLV H 89 0.191000 1.00800 ; qtot -0.221
90 ho 30 SLV H1 90 0.191000 1.00800 ; qtot -0.030
91 oh 31 SLV O 91 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.413
92 ho 31 SLV H 92 0.191000 1.00800 ; qtot -0.222
93 ho 31 SLV H1 93 0.191000 1.00800 ; qtot -0.031
94 oh 32 SLV O 94 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.414
95 ho 32 SLV H 95 0.191000 1.00800 ; qtot -0.223
96 ho 32 SLV H1 96 0.191000 1.00800 ; qtot -0.032
97 oh 33 SLV O 97 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.415
98 ho 33 SLV H 98 0.191000 1.00800 ; qtot -0.224
99 ho 33 SLV H1 99 0.191000 1.00800 ; qtot -0.033
100 oh 34 SLV O 100 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.416
101 ho 34 SLV H 101 0.191000 1.00800 ; qtot -0.225
102 ho 34 SLV H1 102 0.191000 1.00800 ; qtot -0.034
103 oh 35 SLV O 103 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.417
104 ho 35 SLV H 104 0.191000 1.00800 ; qtot -0.226
105 ho 35 SLV H1 105 0.191000 1.00800 ; qtot -0.035
106 oh 36 SLV O 106 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.418
107 ho 36 SLV H 107 0.191000 1.00800 ; qtot -0.227
108 ho 36 SLV H1 108 0.191000 1.00800 ; qtot -0.036
109 oh 37 SLV O 109 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.419
110 ho 37 SLV H 110 0.191000 1.00800 ; qtot -0.228
111 ho 37 SLV H1 111 0.191000 1.00800 ; qtot -0.037
112 oh 38 SLV O 112 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.420
113 ho 38 SLV H 113 0.191000 1.00800 ; qtot -0.229
114 ho 38 SLV H1 114 0.191000 1.00800 ; qtot -0.038
115 oh 39 SLV O 115 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.421
116 ho 39 SLV H 116 0.191000 1.00800 ; qtot -0.230
117 ho 39 SLV H1 117 0.191000 1.00800 ; qtot -0.039
118 oh 40 SLV O 118 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.422
119 ho 40 SLV H 119 0.191000 1.00800 ; qtot -0.231
120 ho 40 SLV H1 120 0.191000 1.00800 ; qtot -0.040
121 oh 41 SLV O 121 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.423
122 ho 41 SLV H 122 0.191000 1.00800 ; qtot -0.232
123 ho 41 SLV H1 123 0.191000 1.00800 ; qtot -0.041
124 oh 42 SLV O 124 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.424
125 ho 42 SLV H 125 0.191000 1.00800 ; qtot -0.233
126 ho 42 SLV H1 126 0.191000 1.00800 ; qtot -0.042
127 oh 43 SLV O 127 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.425
128 ho 43 SLV H 128 0.191000 1.00800 ; qtot -0.234
129 ho 43 SLV H1 129 0.191000 1.00800 ; qtot -0.043
130 oh 44 SLV O 130 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.426
131 ho 44 SLV H 131 0.191000 1.00800 ; qtot -0.235
132 ho 44 SLV H1 132 0.191000 1.00800 ; qtot -0.044
133 oh 45 SLV O 133 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.427
134 ho 45 SLV H 134 0.191000 1.00800 ; qtot -0.236
135 ho 45 SLV H1 135 0.191000 1.00800 ; qtot -0.045
136 oh 46 SLV O 136 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.428
137 ho 46 SLV H 137 0.191000 1.00800 ; qtot -0.237
138 ho 46 SLV H1 138 0.191000 1.00800 ; qtot -0.046
139 oh 47 SLV O 139 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.429
140 ho 47 SLV H 140 0.191000 1.00800 ; qtot -0.238
141 ho 47 SLV H1 141 0.191000 1.00800 ; qtot -0.047
142 oh 48 SLV O 142 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.430
143 ho 48 SLV H 143 0.191000 1.00800 ; qtot -0.239
144 ho 48 SLV H1 144 0.191000 1.00800 ; qtot -0.048
145 oh 49 SLV O 145 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.431
146 ho 49 SLV H 146 0.191000 1.00800 ; qtot -0.240
147 ho 49 SLV H1 147 0.191000 1.00800 ; qtot -0.049
148 oh 50 SLV O 148 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.432
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151 oh 51 SLV O 151 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.433
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154 oh 52 SLV O 154 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.434
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157 oh 53 SLV O 157 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.435
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159 ho 53 SLV H1 159 0.191000 1.00800 ; qtot -0.053
160 oh 54 SLV O 160 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.436
161 ho 54 SLV H 161 0.191000 1.00800 ; qtot -0.245
162 ho 54 SLV H1 162 0.191000 1.00800 ; qtot -0.054
163 oh 55 SLV O 163 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.437
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166 oh 56 SLV O 166 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.438
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169 oh 57 SLV O 169 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.439
170 ho 57 SLV H 170 0.191000 1.00800 ; qtot -0.248
171 ho 57 SLV H1 171 0.191000 1.00800 ; qtot -0.057
172 oh 58 SLV O 172 -0.383000 16.00000 ; qtot -0.440
173 ho 58 SLV H 173 0.191000 1.00800 ; qtot -0.249
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[ pairs ]
; ai aj funct
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366 369 1 ; O - H
366 370 1 ; O - H1
366 371 1 ; O - H2
366 372 1 ; O - H3
367 371 1 ; N - H2
367 372 1 ; N - H3
368 369 1 ; N1 - H
368 370 1 ; N1 - H1
[ angles ]
; ai aj ak funct theta cth
2 1 3 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
5 4 6 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
8 7 9 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
11 10 12 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
14 13 15 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
17 16 18 1 1.0649e+02 3.4811e+02 ; H - O - H1
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357 359 361 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
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358 357 360 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
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363 360 364 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H2 - N1 - H3
365 367 369 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H
365 367 370 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N - H1
365 368 371 1 1.1790e+02 3.9832e+02 ; C - N1 - H2
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366 365 367 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N
366 365 368 1 1.1746e+02 6.2843e+02 ; O - C - N1
367 365 368 1 1.1323e+02 6.0166e+02 ; N - C - N1
369 367 370 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H - N - H1
371 368 372 1 1.1795e+02 3.3137e+02 ; H2 - N1 - H3
374 373 375 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
374 373 376 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
375 373 376 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
378 377 379 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
378 377 380 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
379 377 380 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
382 381 383 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
382 381 384 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
383 381 384 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
386 385 387 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
386 385 388 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
387 385 388 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
390 389 391 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
390 389 392 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
391 389 392 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
394 393 395 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
394 393 396 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
395 393 396 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
398 397 399 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
398 397 400 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
399 397 400 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
402 401 403 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
402 401 404 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
403 401 404 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
406 405 407 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
406 405 408 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
407 405 408 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
410 409 411 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
410 409 412 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
411 409 412 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
414 413 415 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
414 413 416 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
415 413 416 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
418 417 419 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
418 417 420 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
419 417 420 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
422 421 423 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
422 421 424 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
423 421 424 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
426 425 427 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
426 425 428 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
427 425 428 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
430 429 431 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H1
430 429 432 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H - N - H2
431 429 432 1 1.0640e+02 3.4644e+02 ; H1 - N - H2
[ dihedrals ] ; propers
; treated as RBs in GROMACS to use combine multiple AMBER torsions per quartet
; i j k l func C0 C1 C2 C3 C4 C5
302 301 303 305 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
302 301 303 306 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
302 301 304 307 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
302 301 304 308 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
303 301 304 307 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
303 301 304 308 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
304 301 303 305 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
304 301 303 306 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
310 309 311 313 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
310 309 311 314 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
310 309 312 315 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
310 309 312 316 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
311 309 312 315 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
311 309 312 316 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
312 309 311 313 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
312 309 311 314 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
318 317 319 321 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
318 317 319 322 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
318 317 320 323 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
318 317 320 324 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
319 317 320 323 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
319 317 320 324 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
320 317 319 321 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
320 317 319 322 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
326 325 327 329 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
326 325 327 330 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
326 325 328 331 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
326 325 328 332 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
327 325 328 331 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
327 325 328 332 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
328 325 327 329 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
328 325 327 330 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
334 333 335 337 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
334 333 335 338 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
334 333 336 339 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
334 333 336 340 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
335 333 336 339 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
335 333 336 340 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
336 333 335 337 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
336 333 335 338 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
342 341 343 345 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
342 341 343 346 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
342 341 344 347 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
342 341 344 348 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
343 341 344 347 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
343 341 344 348 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
344 341 343 345 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
344 341 343 346 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
350 349 351 353 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
350 349 351 354 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
350 349 352 355 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
350 349 352 356 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
351 349 352 355 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
351 349 352 356 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
352 349 351 353 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
352 349 351 354 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
358 357 359 361 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
358 357 359 362 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
358 357 360 363 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
358 357 360 364 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
359 357 360 363 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
359 357 360 364 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
360 357 359 361 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
360 357 359 362 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
366 365 367 369 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H
366 365 367 370 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N- H1
366 365 368 371 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H2
366 365 368 372 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; O- C- N1- H3
367 365 368 371 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H2
367 365 368 372 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N- C- N1- H3
368 365 367 369 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H
368 365 367 370 3 5.43920 0.00000 -5.43920 0.00000 0.00000 0.00000 ; N1- C- N- H1
[ dihedrals ] ; impropers
; treated as propers in GROMACS to use correct AMBER analytical function
; i j k l func phase kd pn
301 305 303 306 1 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
301 307 304 308 1 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
303 304 301 302 1 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
309 313 311 314 1 180.00 4.60240 2 ; C- H- N- H1
309 315 312 316 1 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
311 312 309 310 1 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
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317 323 320 324 1 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
319 320 317 318 1 180.00 4.60240 2 ; N- N1- C- O
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325 331 328 332 1 180.00 4.60240 2 ; C- H2- N1- H3
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