update

bin/cmmde.py

@@ -70,7 +70,7 @@ parser.add_argument('-ctype','--charge_type',type=str, default='gas', help='Tipe
 parser.add_argument('-Nump','--NumPelarut', type=int, default=100, help='Jumlah molekul pelarut maksimum dalam sistem larutan. Default = 100.')
 parser.add_argument('-cat','--cation',type=str, default='none',help='Kation yang digunakan untuk menetralkan muatan sistem larutan.')
 parser.add_argument('-p', '--pressure', default=1.0, type=float, help='Tekanan dalam satuan bar')
-parser.add_argument('--packmol', type=str, default='packmol')
+parser.add_argument('--packmol', type=str, default='/Users/adit/opt/packmol/packmol')
 # Opsi untuk melakukan restart simulasi MD
 parser.add_argument('-traj','--traject',type=str, default='../NVT/traject',help='File trayektori dari simulasi sebelumnya')
 parser.add_argument('-vel','--velocity',type=str, default='../NVT/velocity',help='File kecepatan atom dari simulasi sebelumnya')

bin/cmmdepre.py

@@ -30,7 +30,7 @@ parser.add_argument('-n', '--layer', type=int, help='Jumlah lapisan permukaan at
 parser.add_argument('-ads','--ads',type=str, help='File koordinat Cartesian berisikan molekul adsorbat')
 parser.add_argument('-d','--distance',type=float,default=1.5,help='Jarak adsorbat dari lapisan teratas permukaan (Angstrom). Default: 1.5 Angstrom.')
 parser.add_argument('-height','--height',type=float,default=2.0, help='Tebal lapisan sisi aktif (Angstrom). Default: 2.0.')
-parser.add_argument('-dyn','--dyn',type=float,default=3.0, help='Tebal lapisan bawah permukaan yang dibuat kaku (Angstrom). Default: 3.0.')
+parser.add_argument('-dyn','--dyn',type=float,default=3.5, help='Tebal lapisan bawah permukaan yang dibuat kaku (Angstrom). Default: 3.0.')
 parser.add_argument('-e', '--element', type=str, help='Unsur yang akan dibuat klaster' )
 parser.add_argument('-t', '--type', type=str, help='Tipe klaster yang akan dibuat. Pilihan: decahedron dan icosahedron')
 parser.add_argument('-lc', '--lc', type=float, help='Panjang sel satuan kristal ruah jika dianggap kubus.' )

lib/cmmde_dcdftb.py

@@ -96,6 +96,9 @@ def dcdftb(job,method,geom,charge,mult,dispersion,para_path,temp,pressure,ensemb
         if "opt" in job:
             opt_type={'bfgs':'1','sd':'2','cg':'3','qm':'4','fire':'5'}
             print("OPT=(MAXITER=1000 OPTTYPE={})".format(opt_type[opttype]),file=f)
+        if "cell" in job:
+            opt_type={'bfgs':'1','sd':'2','cg':'3','qm':'4','fire':'5'}
+            print("OPT=(MAXITER=1000 OPTTYPE={} LATTICEOPT=TRUE)".format(opt_type[opttype]),file=f)
         if "freq" in job:
             print("FREQ=(THERMOTEMP={} THERMOPRES={} FREQTYPE={})".format(temp,pressure,freqtype),file=f)
         if ensembel == 'NVE':
@@ -116,7 +119,7 @@ def dcdftb(job,method,geom,charge,mult,dispersion,para_path,temp,pressure,ensemb
             print('MD=(NVT={} NVTTYPE={} BATHTEMP={} ERRORTEMP=100)'.format(nvt,thermo,temp),file=f)
             print('MD=(DELTAT={} NSTEP={} PRINT={})'.format(deltat*1e-15,step,mdprint),file=f)
             if softpot == 'true':
-                print('MD=(SOFT=TRUE SOFTSHAPETYPE={} SOFTRANGE={} SOFTCENTERTYPE={})'.format(softtype,softrange,softcenter))
+                print('MD=(SOFT=TRUE SOFTSHAPETYPE={} SOFTRANGE={} SOFTCENTERTYPE={})'.format(softtype,softrange,softcenter),file=f)
             if restart == 'true':
                 print('MD=(READVELOCITY=TRUE)',file=f)
         if job == "mtd":

lib/cmmde_dftb.py

@@ -125,7 +125,7 @@ def vasp2gen(geom):
         c.append(ccell)
         next(f)
         next(f)
-        next(f)
+        # next(f)
         if 'direct' in next(f):
             coord_type.append("F")
         else:
@@ -135,13 +135,19 @@ def vasp2gen(geom):
             x.append(arr[0])
             y.append(arr[1])
             z.append(arr[2])
-            sym.append(arr[-1])
+            sym.append(arr[3])
+            
     with open('in.gen','w') as f:
         elements = []
         print("{} {}".format(len(sym),coord_type[-1]),file=f)
-        for index,element in enumerate(sym):
+        if len(list(set(sym))) == 1:
-            if sym[index] != sym[index-1]:
+            for i in list(set(sym)):
+                elements.append(i) 
+        else: 
+            for index,element in enumerate(sym):
+                sym[index] != sym[index-1]
                 elements.append(element)
+        
         for i in elements:
             print(i, end=' ',file=f)
         print("",file=f)
@@ -149,12 +155,16 @@ def vasp2gen(geom):
         sindx = 0
         sym_indx = []
         for i,symbol in enumerate(sym):
-            if sym[i] != sym[i-1]:
+            if len(set(sym)) == 1:
-                sindx+=1
+                 sindx=1
-                sym_indx.append(sindx)
+                 sym_indx.append(sindx)
             else:
-                sindx+=0
+                if sym[i] != sym[i-1]:
-                sym_indx.append(sindx)
+                    sindx+=1
+                    sym_indx.append(sindx)
+                else:
+                    sindx+=0
+                    sym_indx.append(sindx)
         for sym_indx,i,j,k in zip(sym_indx,x,y,z):
             print(indx,sym_indx,i,j,k,file=f)
             indx+=1

lib/cmmde_solution.py

@@ -26,7 +26,7 @@ parser.add_argument('-nnpt','--nnpt',type=int, default=50000, help='Jumlah step
 parser.add_argument('-nprod','--nprod',type=int, default=400000, help='Jumlah step pada saat production.')
 parser.add_argument('-dt','--dt',type=float, default=1, help='Step simulasi dinamika molekul yang dilakukan.')
 parser.add_argument('-comp','--compress',type=float, default=4.5e-6, help='Nilai kompresibilitas. Default=4.5e-6.')
-parser.add_argument('--packmol', type=str, default='packmol')
+parser.add_argument('--packmol', type=str, default='/Users/adit/opt/packmol/packmol')
 parser.add_argument('-l','--lapang',type=float, default=5, help='Ruang lapang untuk atom-atom bergerak di dalam kotak larutan (angstrom).')
 parser.add_argument('-gen','--generate_dftbinp',type=str,default='false',help='Apakah ingin mengkonversi ke dalam format koordinat xyz?')
 parser.add_argument('-prod','--production',type=str,default='None',help='Jenis production run yang ingin dilakukan. Pilihan: NPT (recommended), NVE, dan NVT.')