update and bug fix

bin/cmmde.py

@@ -14,17 +14,17 @@ import time
 
 
 parser = argparse.ArgumentParser(description='Computational Molecular & Material Design Interface')
-# Input Geometri, tanpa ini perhitungan tidak akan berjalan.
+# Geometry input file, without this, your calculation won't proceed.
 parser.add_argument('-i','--input',type=str,default='geom.xyz',help='Input geometri dalam koordinat Cartesian')
 parser.add_argument('-cons','--constraints',type=str,default='None',help='Membekukan ikatan, sudut ikatan, dan sebagainya selama proses optimasi geometri. Periksa manual Orca 5.0 lebih lanjut mengenai ini.')
-# Informasi muatan dan multiplisitas spin molekul.
+# Charge and spin multiplicity of the molecule.
 parser.add_argument('-c','--charge',type=int,default=0, help='Muatan molekul')
 parser.add_argument('-mult','--mult',type=int,default=1, help='Multiplisitas molekul')
-# Input yang berkaitan dengan software, metode, dan jenis pekerjaan
+# Inputs about the software, type of job, and computational methods.
 parser.add_argument('-s','--software',type=str,default='orca',help='Software yang digunakan. Pilihan: orca, dcdftb, gromacs')
 parser.add_argument('-j','--job',type=str,default='sp',help='Jenis perhitungan yang dilakukan. Pilihan: sp, opt, freq, md, mtd, td, dock.')
 parser.add_argument('-m','--method',type=str,default='XTB2',help='Metode yang digunakan dalam perhitungan. Pilihan: XTB, XTB2, DFTB, DFTB2, DFTB3-diag, dan sebagainya.')
-# Input yang berkaitan dengan perhitungan frekuensi menggunakan software Orca
+# Inputs about the frequency calculations in Orca.
 parser.add_argument('-sfreq','--scalefreq',type=float,default=1, help='Faktor skala frekuensi yang digunakan.')
 # Input yang berkaitan dengan perhitungan menggunakan software DCDFTBMD
 parser.add_argument('-disp','--dispersion',type=str,default='None', help='Model koreksi dispersi jika menggunakan software DCDFTB. Pilihan: None, D3, D3BJ, D3H5.')

lib/cmmde_hubbard.py

@@ -24,7 +24,8 @@ def azimuth(element):
     'Co' : '3',
     'Ti' : '3',
     'C' : '2',
-    'Si': '3'
+    'Si': '3',
+    'Zr': '3',
     }
     return azimuth[element]