update and bug fix

bin/cmmde.py

@@ -14,17 +14,17 @@ import time
 
 
 parser = argparse.ArgumentParser(description='Computational Molecular & Material Design Interface')
-# Input Geometri, tanpa ini perhitungan tidak akan berjalan.
+# Geometry input file, without this, your calculation won't proceed.
 parser.add_argument('-i','--input',type=str,default='geom.xyz',help='Input geometri dalam koordinat Cartesian')
 parser.add_argument('-cons','--constraints',type=str,default='None',help='Membekukan ikatan, sudut ikatan, dan sebagainya selama proses optimasi geometri. Periksa manual Orca 5.0 lebih lanjut mengenai ini.')
-# Informasi muatan dan multiplisitas spin molekul.
+# Charge and spin multiplicity of the molecule.
 parser.add_argument('-c','--charge',type=int,default=0, help='Muatan molekul')
 parser.add_argument('-mult','--mult',type=int,default=1, help='Multiplisitas molekul')
-# Input yang berkaitan dengan software, metode, dan jenis pekerjaan
+# Inputs about the software, type of job, and computational methods.
 parser.add_argument('-s','--software',type=str,default='orca',help='Software yang digunakan. Pilihan: orca, dcdftb, gromacs')
 parser.add_argument('-j','--job',type=str,default='sp',help='Jenis perhitungan yang dilakukan. Pilihan: sp, opt, freq, md, mtd, td, dock.')
 parser.add_argument('-m','--method',type=str,default='XTB2',help='Metode yang digunakan dalam perhitungan. Pilihan: XTB, XTB2, DFTB, DFTB2, DFTB3-diag, dan sebagainya.')
-# Input yang berkaitan dengan perhitungan frekuensi menggunakan software Orca
+# Inputs about the frequency calculations in Orca.
 parser.add_argument('-sfreq','--scalefreq',type=float,default=1, help='Faktor skala frekuensi yang digunakan.')
 # Input yang berkaitan dengan perhitungan menggunakan software DCDFTBMD
 parser.add_argument('-disp','--dispersion',type=str,default='None', help='Model koreksi dispersi jika menggunakan software DCDFTB. Pilihan: None, D3, D3BJ, D3H5.')

bin/cmmdepost.py

@@ -788,6 +788,44 @@ if opt.job == 'ts' and opt.software == 'orca':
     print('Delta_S_forward* = {:.2f} J/(mol K)'.format(delta_S_forward))
     print('Delta_S_backward* = {:.2f} J/(mol K)'.format(delta_S_backward))
 
+if opt.job == 'force' and opt.software == 'orca':
+    with open('cmmd.xyz') as f:
+        x = int(f.readlines()[0])
+    x = round(x*3/4)
+    with open('cmmd.opt') as f:
+        lines = f.readlines()
+        for i, line in enumerate(lines):
+            if "$gradients" in line:
+                data = lines[i+2:i+x+2]
+    data = [x.strip("\n").strip(" ") for x in data]
+    data_clean = []
+    for i in data:
+        x = i.split(" ")
+        for i in x:
+            data_clean.append(i.strip(""))
+    # data_clean = [float(x) for x in data_clean]
+    data = []
+    for i in data_clean:
+        if i != '':
+            data.append(float(i))
+    
+    j = 0
+    for j in range(int(len(data)/3)):
+        if j < (len(data) - 2): 
+            print(data[j],data[j+1],data[j+2])
+            j += 3
+        
+        
+    
+    
+    
+    # data = [x.strip(" ") for x in data]
+    # data = [x.strip(",") for x in data]
+    
+            
+
+
+
 if opt.job == 'opt' and opt.software == 'dcdftb':
     Energy = []
     Gradient = []

lib/cmmde_hubbard.py

@@ -24,7 +24,8 @@ def azimuth(element):
     'Co' : '3',
     'Ti' : '3',
     'C' : '2',
-    'Si': '3'
+    'Si': '3',
+    'Zr': '3',
     }
     return azimuth[element]