pubsEngine-template/manuscript.md

title	author	affiliation	keywords	software	facilities
pubsEngine: Program Persiapan Manuskrip	{number 1} {id 1,*} {orcid 0000-0002-0786-7307} {name Author One} {correspond true} {affiliation My City University} {address Orenomachi, Orenoshi, Orenoken, Japan} {email one@myuni.ac.jp} {url http://thegreatme.org}] [{number 2} {id 2} {name Author Two} {affiliation My Other City University} {address Hokanomachi, Orenoshi, Orenoken, Japan} {email two@myuni.ac.jp}	{id 1} {description My Other City University, Hokanomachi, Orenoshi, Orenoken, Japan} {email two@myuni.ac.jp}] [{id 2} {description My City University, Orenomachi, Orenoshi, Orenoken, Japan} {email one@myuni.ac.jp} {url http://thegreatme.org}] [{id *} {description corresponding.author@email.example}] [{id +} {description these authors contributed equally to this work}	[Classical Novae (251) Ultraviolet astronomy(1736) History of astronomy(1868) Interdisciplinary astronomy(804)]	astropy [@2013A&A...558A..33A,2018AJ....156..123A], Cloudy [@2013RMxAA..49..137F], Source Extractor [@1996A&AS..117..393B]	HST(STIS), Swift(XRT and UVOT), AAVSO, CTIO:1.3m, CTIO:1.5m, CXO

:::{.var .disclaimer} You can edit this page to suit your needs. For instance, here we have a no copyright statement, a colophon and some other information. This page is based on the corresponding page of Ken Arroyo Ohori's thesis, with minimal changes. :::

:::{.var .copyright} No copyright

\cczero\ This book is released into the public domain using the CC0 code. To the extent possible under law, I waive all copyright and related or neighbouring rights to this work. % To view a copy of the CC0 code, visit: (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) :::

:::{.var .colophon} This document was typeset with the help of \href{https://sourceforge.net/projects/koma-script/}{\KOMAScript} and \href{https://www.latex-project.org/}{\LaTeX} using the \href{https://github.com/fmarotta/kaobook/}{kaobook} class.

The source code of this book is available at:\\url{https://github.com/hasanalrasyid/pubsEngine-template}

(You are welcome to contribute!) :::

:::{.dedicatory}

| .nu law kaana baynanaa al-_habiibi * ladanaa al-qaashiY wa al-qariibi | .nu min thayyiba:ti qabla al-maghiibi * thaalibaN qurba al-_habiibi

:::

:::{.preface title="Kata Pengantar"} Dalam perjalanan hidup seorang penulis, setidaknya sekali pasti pernah terbersit keinginan untuk bisa menulis ide tanpa perlu berbagai pengetahuan tambahan terkait typesetting. Bukan hanya \latex, hal ini juga berlaku untuk program penulisan dokumen yang menganut paradigma What You See is What You Get sekalipun. Kondisi yang agak ironis, mengingat WYSWYG disusun dalam rangka mengurangi syarat pengetahuan mengenai typesetting. Berapa banyak dalam hidup kita yang mampu mengingat tombol mana dulu yang perlu di-klik untuk dapat mengubah bentuk awalan bab suatu judul dari Chapter x menjadi Bab x, apatah urutan yang perlu dilakukan dari klik-pertama hingga klik-terakhir. Saya pribadi merasa kerja typesetting adalah suatu kerja yang tak terpisahkan dari proses produksi suatu manuskrip. Meski demikian, tak dapat dipungkiri bahwa pengetahuan mengenai typesetting, baik itu \latex maupun program lain, sebagai pengetahuan yang tidak berkaitan langsung dengan passion yang kita dalami. Ini yang mendasari keinginan kami untuk menyusun program pubsEngine. Semoga semangat kami dalam upaya memisahkan setegas mungkin antara kerja typesetting dan kerja substantif akan dapat mencapai para penulis dalam menulis suatu substansi dengan lebih lancar dan memuaskan.

Bagian pertama dari buku ini mengetengahkan perkenalan terhadap dua sistem utama yang menjadi pondasi bagi pubsEngine, yaitu Markdown dan Pandoc. Bagian kedua mengetengahkan beberapa fitur yang disediakan oleh pubsEngine. Bagian terakhir menyajikan hal-hal khusus yang hanya terkait dengan tipe keluaran yang dihasilkan pubsEngine.

Program ini kami susun sebagai sebuah prototype atas sebuah ide. Oleh sebab itu, kami berharap agar para penulis menggunakannya sebagai sebuah prototype pula. Dalam wujudnya sebagai prototype, kita akan menemukan berbagai khilaf, bug, dan kekurangan yang tak dapat dipandang sebagai penera kualitas. Seyogyanya, mengingat sifat pengembangan pubsEngine yang open-source, kami berharap berbagai kekurangan tersebut dapat menjadi media bagi jalinan interaksi silaturahim antara kami dan penulis dalam kesetaraan kolaborasi pengembangan perangkat lunak. Tak lepas pula harapan kami agar pubsEngine dapat menjadi ajang bagi kita untuk mengembangkan lingkungan open-source yang luhur dan bermartabat di negeri tercinta, Indonesia.

\begin{flushright} \textit{Hasan al-Rasyid} \end{flushright} :::

:::{.abstract} Dokumen ini merupakan sebuah panduan, merangkap contoh nyata untuk digunakan penulis dalam membuat dokumen memakai pubsEngine. Dokumen ini diturunkan dari contoh yang disediakan jurnal \aastex. Dalam dokumen ini, kami menyajikan beberapa perintah markdown umum sekedar sebagai pengingat. Kami juga memasukkan beberapa fitur Pandoc yang digunakan dalam pubsEngine. Hal ini diperlukan sebagai pengantar penjelasan tentang beberapa fitur utama pubsEngine yang merupakan suatu bentuk pengembangan dari markdown dan Pandoc. pubsEngine menganut sistem teks-penuh. Ini berarti, proses penyusunan Manuskrip dengan pubsEngine dapat dikendalikan melalui Version Control System semacam GiT, mercurial, darcs, dsb). Beberapa fitur pubsEngine memerlukan pengetahuan yang cukup atas tema-tema khusus, misalnya Python, nodeJS, GoJS, \latex, dsb. Di dalam dokumen ini, kami hanya menyediakan contoh penerapan fitur seminimal mungkin untuk menunjukkan bahwa fitur tersebut bekerja dengan baik. Kami mendorong penulis untuk mendalami fitur-fitur tersebut langsung pada sumber yang telah kami sertakan tautannya dalam dokumen ini¹. Jangan lupa, ada batas ukuran teks untuk abstrak, umumnya 250 kata. :::

Pendahuluan

Saat ini, proses penyusunan dokumen secara digital dapat dilakukan dengan setidaknya dua kelompok pendekatan perangkat lunak. Pendekatan pertama memiliki paradigma What You See is What You Get. Penulis dihadapkan pada antar-muka yang benar-benar mirip kertas. Harapannya, pada proses ini, penulis dapat memastikan bahwa hasil cetak dokumennya akan sama persis dengan yang muncul di tampilan perangkat lunak. Pengembangan open-source untuk perangkat lunak paradigma pertama ini cukup terwakili oleh perangkat LibreOffice. Di lain pihak, kita punya pilihan pendekatan plain-text. Dalam pendekatan ini, seorang penulis menyusun suatu file teks yang bukan hanya berisikan substansi tulisan, namun juga teks tambahan yang mengindikasikan sifat editorial dokumen cetak yang diharapkan. Selanjutnya, teks ini dijadikan sebagai input suatu program pemrosesan untuk menghasilkan dokumen siap cetak (PDF atau DVI). Pengembangan open-source dalam paradigma ini diwakili oleh \latex. pubsEngine mengambil peran dalam pendekatan yang kedua, plain-text.[@sidenote pubsEngine juga dikembangkan secara open-source, sehingga kontribusi sekecil apapun akan sangat diapresiasi.]

Secara umum, seorang penulis melakukan dua sifat kerja yang berbeda dalam menyusun suatu makalah. Sifat kerja yang pertama adalah kerja substantif. Dalam kerja substantif, seorang penulis melakukan proses penggubahan suatu karya tulis, dari tiada menjadi ada. Dalam kerja substansial, umumnya penulis menguasai penuh materi yang akan dituangkan dalam tulisan. Sifat kerja kedua adalah kerja editorial. Kerja editorial hampir sama sekali tidak berhubungan dengan kerja substantif. Termasuk dalam kerja editorial adalah penentuan jenis huruf, proses penentuan lebar batas halaman, penentuan ukuran spasi, penentuan jenis penekanan dalam teks ( miring, tebal, tebal dan miring, [garis bawah]{.underline}, verbatim, garis tengah, superscript x^2^, underscript H~2~O, dan lain sebagainya), penyusunan layout halaman, penyusunan seluruh struktur manuskrip dari sampul depan hingga belakang, dst.

Dua paradigma perangkat lunak, WYSWYG dan plain-text, mendekati kerja editorial dengan cara yang berbeda. Dalam WYSWYG, kerja editorial tercermin dalam langkah-langkah klik kanan/kiri, drag-drop, membuka menu/jendela pilihan dan pengaturan, dsb. Dalam paradigma plain-text, kerja editorial ini tercantum secara nyata sebagai teks yang dituliskan sebagaimana kerja substansial (seringkali dalam file yang sama). Tentu terdapat kesepakatan tertentu yang mengatur bagaimana suatu tulisan akan dibaca sebagai perintah editorial ataukah sebagai bagian dari substansi tulisan. Pada umumnya, file teks yang dihasilkan dari paradigma plain-text pada akhirnya berisi gabungan antara kalimat-kalimat substansi dan perintah-perintah editorial.

Sebagai sebuah perangkat lunak penyusunan makalah yang telah matang, \latex telah berkembang menjadi suatu alat yang cukup kompleks. Perkembangan ini merupakan akibat positif dari sifat pengembangan \latex yang open-source. Selain itu, modularitas dalam \latex memungkinkan para penggunanya untuk mengembangkan \latex secara terfokus pada satu fitur, tanpa perlu memahami seluruh aspek yang tersedia dalam \latex sejak awal. Di lain pihak, kompleksitas ini berakibat pada kemunculan rasa berat para penulis pemula dalam menggunakan \latex. pubsEngine berusaha menurunkan tembok penghalang ini. Harapan pengembangan pubsEngine, para penulis dapat segera menceburkan diri ke dalam proses produksi substantif, dan meminimalkan waktu yang diperlukan dalam proses editorial. Selain itu, pubsEngine berusaha semaksimal mungkin memisahkan bagian editorial dan bagian substantif dari makalah yang dihasilkan.

The Giants

Markdown

pubsEngine menggunakan berkas teks berformat Markdown sebagai masukan yang kemudian selanjutnya akan diproses menjadi keluaran dokumen \latex (.tex) atau presentasi web (RevealJS). Di belakang layar, pubsEngine menggunakan Pandoc dalam proses pengubahan dari Markdown menjadi \latex. Lebih jauh lagi, dokumen .tex ini diproses oleh lualatex untuk menghasilkan berkas PDF yang siap cetak.

Markdown adalah suatu format teks yang mungkin paling sederhana jika dibandingkan dengan format yang populer saat ini, misalnya \latex, HTML, dsb. Umumnya file Markdown berakhiran .md, misal manuscript.md. Secara umum, suatu teks Markdown dapat kita bagi menjadi:

1. Meta: Bagian ini berisi hal-hal yang umumnya merupakan bagian editorial. Meta berada di bagian teks paling awal, dan diapit diantara baris yang berisi ---. Umumnya berbentuk deklarasi variabel, misalnya bibzotero: pubsEngine. Format meta yang dipakai adalah Yaml. Meta dapat tersimpan dalam file yang berbeda, untuk dokumen ini misalnya tersimpan dalam file manuscript.yaml. Jika terdapat dua variabel terdefinisikan dalam manuscript.yaml dan dalam dokumen utama ini (manuscript.md), maka definisi pada dokumen utama menjadi prioritas.
2. Inti: Bagian ini sebagian besar berisi substansi. Perintah-perintah editorial di bagian ini sering kali muncul hanya karena benar-benar diperlukan dan tiada cara lain, misalnya emphasis, dan cetak tebal. Kita dapat membagi bagian ini menjadi beberapa Block yang dipisahkan oleh satu baris kosong. Beberapa Block yang dapat kita kenali antara lain Paragraph, CodeBlock, RawBlock, OrderedList, Header, BulletList, Table, Div. Di dalam setiap Block, sering kita temukan satu atau lebih Inlines yang dapat berupa String (teks), Emphasis, Underline, Strong, Strikeout, Superscript, Subscript, Cite, RawInline, Code, Math, Link, Image, Note.

Pada bab ini, kami akan sajikan beberapa perintah umum dalam Markdown yang menyusun bagian Inti.

Paragraph

Bagian paling sederhana dalam Markdown. Tidak ada syarat editorial apapun dalam penyusunan suatu paragraf. Satu paragraf akan bermula setelah baris kosong, dan diakhiri oleh baris kosong.

CodeBlock

Paragraf tanpa format, umumnya menggunakan ditampilkan menggunakan bentuk huruf verbatim. CodeBlock selalu diawali dan diakhiri oleh baris ~~~. Pada pembukaan CodeBlock, kita dapat menyematkan atribut:

• penanda jenis (class): .script untuk jenis script
• penanda label: #fig:new untuk penanda fig:new
• variabel: width=0.5 untuk variabel width dengan nilai 5

Contoh di atas akan mensyaratkan awal CodeBlock berupa ~~~{.script #fig:new width=5}. Aturan penambahan atribut ini akan menjadi landasan utama dalam berbagai fitur pubsEngine yang akan dijelaskan pada bab berikutnya. Berikut adalah contoh dari CodeBlock.

~~~
main :: IO ()
main = putStrLn "we are one"
~~~

Kode di atas akan menghasilkan:

main :: IO ()
main = putStrLn "we are one"

RawBlock

Suatu paragraf yang terbaca oleh Pandoc sebagai blok \latex. Ini berarti, blok ini akan dituliskan apa adanya dalam berkas .tex final. Blok ini cukup dinyatakan dengan environment \latex dalam bentuk:

\begin{xxx}...\end{xxx}

OrderedList

Blok ini berisi daftar yang ditera dengan angka berurutan dari 0. Penulisannya cukup dengan membubuhkan angka yang sesuai pada awal baris. Contohnya:

1. first in line
2. second
3. and the third

Akan menghasilkan:

1. first in line
2. second
3. and the third

BulletList (Unordered List)

Blok ini adalah daftar yang ditera dengan penanda selain angka (titik atau lainnya). Penulisannya dengan membubuhkan penanda -. Misalnya:

- first in line
- second
  should multiline
- and the third

akan menghasilkan

• first in line
• second should multiline
• and the third

Tabel

Pembuatan tabel akan dibahas pada bab selanjutnya mengenai Fitur pubsEngine.

Header

Blok ini adalah blok judul. Markdown mengenal hirarki judul, mulai dari tingkat pertama, kedua, dst. Hirarki judul ini ditandai dengan jumlah #. Misalnya: # Judul Untuk Bab (1) , ## Untuk subbab (1.1), dan ### Untuk sub-subbab (1.1.a). Penomoran Judul akan berlangsung secara otomatis. Pastikan ada spasi setelah #.

Division

Kita dapat mengumpulkan beberapa blok ke dalam satu wadah Div. Penanda yang dipakai adalah :::. Seperti CodeBlock, kita dapat menambahkan berbagai atribut ke dalam blok ini.

Mathematical Equations

Tiada pembahasan tentang \latex dan turunannya tanpa adanya keterangan mengenai persamaan matematika. Secara umum, dalam Markdown, kita dapat menggunakan lingkungan \latex yang telah umum ($$). Kita juga dapat menggunakan skenario \latex yang lain, misalnya:

$$ ... $$ memiliki arti sama dengan
\begin{equation}
\begin{eqnarray}
\begin{array}
\begin{displaymath}
\begin{align}

berikut adalah contoh untuk \begin{align}, perhatikan bahwa lingkungan ini menghasilkan penomoran persamaan:

\begin{align}
\nabla \cdot  \vec{E} &= \rho \nonumber \\
\nabla \cdot  \vec{B} &= 0    \nonumber \\
\nabla \times \vec{E} &= -\frac{\vec{B}}{t}
\end{align}

\begin{align} \nabla \cdot \vec{E} &= \rho \nonumber \ \nabla \cdot \vec{B} &= 0 \nonumber \ \nabla \times \vec{E} &= -\frac{\vec{B}}{t} \end{align}

Persamaan dengan memakai $$ secara otomatis tidak akan dinomor, sebagaimana persamaan $\nabla \cdot \vec{W}$ di bawah ini.

$$ \nabla \cdot \vec{W} = \sigma W \nonumber $$

Persamaan dalam baris paragraf dapat dituliskan dengan diapit tanda $ tunggal. Contoh persamaan ini: $y = 5\cdot x^2$ dimunculkan dengan perintah $y = 5\cdot x^2$. Persamaan di bawah ini menempel pada paragraf di atasnya. $$ \nabla \cdot \vec{W} = \sigma W \nonumber $$

Inline

Dalam suatu blok, kita dapat menambahkan tata penampilan teks/kata yang sesuai. Perlu diketahui bahwa hal ini akan berakibat pada munculnya perintah-perintah editorial di dalam substansi tulisan. Contohnya:

*Emphasis/Italic*, `Code/verbatim`,
[Underline]{.underline}, **Strong/
Bold**, ***Bold dan Italic***,
~~Strikeout~~, Superscript^2^,
Subscript~x~, \emph{RawInline/Latex}
<myemail@myurl.org>.

akan menghasilkan: Emphasis/Italic, [Underline]{.underline}, Strong/Bold, Bold dan Italic, Code/verbatim, Strikeout, Superscript^2^, Subscript~x~, \emph{RawInline/Latex}, myemail@myurl.org.

Selain itu, ada beberapa Inline yang lebih kompleks, memunculkan suatu blok khusus pada bagian manuskrip tertentu. Inline tersebut antara lain:

Link

We use [Duck Duck Go](https://duckduckgo.com).

akan menghasilkan: We use Duck Duck Go. Tulisan Duck Duck Go tersebut dalam berkas PDF menyimpan alamat website https://duckduckgo.com dan berperan sebagai tautan yang dapat diakses.

Image

Markdown memungkinkan pemuatan gambar pada [@fig:FigVibStabX] dengan perintah. Pastikan label untuk gambar disertakan dengan format #fig:namaLabel. Jika label ini ditiadakan, maka gambar dianggap sebagai aksesoris dokumen yang tidak disertai keterangan gambar.

![Contoh gambar](Figure/icml_numpapers.eps){#fig:FigVibStabX size=0.5}

{#fig:FigVibStabX size=0.5}

Note (Catatan kaki)

Kita dapat tambahkan suatu catatan kaki dengan perintah [^1] atau [^bignote]. Kemudian pada paragraf berikutnya, kita tambahkan isi catatan kaki. Berikut adalah contohnya:

Paragraf ini berisi catatan kaki [^1]. Selain itu, kita gunakan
juga catatan kaki yang cukup besar [^bignote].

[^1]: Catatan kaki sederhana
[^bignote]: Catatan ini cukup panjang. Mengandung beberapa paragraf.

  Paragraf yang diawali indentasi mengindikasikan bahwa
  paragraf tersebut ada di dalam catatan kaki.

  Ini paragraf catatan kaki yang ketiga.

Paragraf ini ada diluar catatan kaki.

Contoh di atas akan menghasilkan:

Paragraf ini berisi catatan kaki ². Selain itu, kita gunakan juga catatan kaki yang cukup besar ³.

Paragraf yang diawali indentasi mengindikasikan bahwa paragraf tersebut ada di dalam catatan kaki.

Ini paragraf catatan kaki yang ketiga. BUG: catatan kaki multi-paragraf tidak berjalan.

Paragraf ini ada diluar catatan kaki.

Pandoc

Ada beberapa fitur tambahan yang dikembangkan sebagai modul/filter Pandoc. Fitur tersebut memperkaya fitur dasar yang telah ada dalam Markdown. Berbagai fitur ini telah terintegrasi di dalam pubsEngine.

Rujukan Artikel (Cite) menggunakan citeproc

Perintah untuk menampilkan rujukan adalah [@citeTerm]. Jangan lupa untuk menambahkan reference-section-title ke dalam Meta pada manuscript.yaml untuk menentukan judul halaman rujukan/bibliografi. Beberapa judul yang populer adalah Bibliografi, Daftar Pustaka, dsb. Contoh sitasi [@mitchell1980] dapat diperoleh dengan perintah [@mitchell1980]. Sitasi yang lebih kompleks semacam [@mitchell1980; @astropycollaboration2013; @arnold1998] dapat juga dimunculkan dengan [@mitchell1980; @astropycollaboration2013; aarnold1998]. Penulis juga dapat mencermati bahwa rujukan artikel tersebut secara otomatis juga dimunculkan di Daftar Pustaka. Penjelasan lebih lengkap tentang metode membuat rujukan ini dapat dilihat dalam panduan utama Pandoc Manual.

Berbagai rujukan menggunakan crossref

Rujukan internal (dalam dokumen) terhadap gambar, tabel dan segala sesuatu yang telah diberi label dapat dilakukan dengan pola yang mirip. Sebagai contoh, rujukan pada [@fig:FigVibStabX] dinyatakan dengan [@fig:FigVibStabX]. Untuk konsistensi, kita gunakan awalan tbl: untuk tabel, dan sec: untuk bab atau sub-bab. Pengungkapan rujukan (misalnya fig. 1) dapat diubah dalam pandoc-crossref.yaml pada variabel figPrefix. Berbagai pengaturan dalam crossref dapat diperiksa pada halaman panduan utama.

pubsEngine

Fitur pubsEngine

Berbagai fitur tambahan yang disediakan oleh pubsEngine merentang pada beberapa aspek yang terkait dengan pemrosesan di luar sistem. Sebagian besar fitur tersebut ditampilkan sebagai CodeBlock dengan jenis kelas tertentu.

Gambar

Kita dapat menambahkan atribut sesuai dengan aturan yang telah dijelaskan dalam pembahasan CodeBlock. Nilai size dalam hal ini adalah lebar gambar sebagai pengali dari \linewidth (lebar baris dalam \latex). Pastikan ukuran gambar yang akan dimasukkan sudah sesuai dengan ukuran halaman cetak. Kita bisa menambahkan jenis kelas .fullwidth jika kita ingin agar gambar kita mengisi ruang penuh pada seluruh lebar halaman. Jenis kelas ini mengindikasikan bahwa gambar kita akan berada dalam lingkungan \begin{figure*}. Rujukan pada gambar akan dibahas pada bagian berikutnya mengenai Rujukan.

{.fullwidth #fig:fullWidth size=0.6}

Tabel

Fitur ini merupakan peningkatan dari fitur dasar yang telah ada dalam spesifikasi dasar Markdown dari Pandoc. pubsEngine memasukkan kapabilitas MultiMarkdown untuk memproses tabel ini. Kita dapat membuat [@tbl:multi] dengan menggunakan:

~~~{.multiTable #tbl:multi}
|              |          Grouping           ||
|First Header  | Second Header | Third Header |
| ------------ | :-----------: | -----------: |
|Content       |          *Long Cell*        ||
|Content       |   **Cell**    |         Cell |
|New section   |     More      |         Data |
|And more      | With an escaped '\|'        ||
[More complicated table caption.]
~~~

|              |          Grouping           ||
|First Header  | Second Header | Third Header |
| ------------ | :-----------: | -----------: |
|Content       |          *Long Cell*        ||
|Content       |   **Cell**    |         Cell |
|New section   |     More      |         Data |
|And more      | With an escaped '\|'        ||
[More complicated table can be done using MultiMarkdown in `.multiTable` CodeBlock. You have to use this format for all table as default.]

Untuk saat ini, tabel yang merentang seluruh lebar halaman dalam tatanan dikolom harus dibuat dengan menggunakan perintah \latex. Detil perintah ini akan disampaikan dalam Lampiran.

Memasukkan berkas .md tambahan

Untuk memudahkan penataan dokumen, kita dapat membagi dokumen .md utama menjadi beberapa berkas, dan menggabungkannya dengan menggunakan include. Akhiran berkas .md harus dihilangkan sebab akan secara otomatis ditambahkan oleh pubsEngine.

~~~include
include/addition1
~~~

atau untuk satu berkas:

[@include:include/addition1]

include/addition1

[@include:include/addition1]

Kedua paragraf identik di atas dimasukkan secara otomatis dari berkas include/addition1.md.

Transliterasi bahasa Arab

Transliterasi bahasa Arab menggunakan modul Nusantara dari \latex. Modul ini perupakan penurunan dari modul arabxetex dan arabluatex. Module Nusantara menyediakan transliterasi bahasa Arab yang dilandaskan pada tradisi yang berkembang di Indonesia (kepulauan Nusantara, sesuai nama modul). Modul ini juga menyediakan implementasi eksperimental sederhana untuk imla' bagi huruf hamzah .nu "a. Implementasi tersebut meliputi hamzah yang berdiri sendiri .nu "a, hamzah di atas kursi alif .nu "A, di bawah kursi alif .nu "i, pada kursi ya dan wau .nu "w / "y, dan hamzah washol .nu _a / ~a.

Untuk menuliskan text arab, kita dapat memilih salah satu dari dua cara. Cara pertama adalah sebagai inline dalam teks/paragraf. Dalam skenario ini, kita menggunakan jenis kelas [.nu] sebagaimana dalam [.nu rabbi fa-_infa`naa bibarkatihim] yang akan menghasilkan .nu rabbi fa-_infa`naa bibarkatihim. Cara berikutnya adalah dengan jenis kelas ~~~nusantara dalam contoh sebagai berikut:

~~~nusantara
al-_hamdu liLLAHi al-waa_hidi fiY dzaatihi wa shifaatihi
al-ladziY ba`atsa sayyidinaa MUHAMMADaN lil-khalqi
bil-tau_hiidi bibaahiri aaayaatihi,
wa SWS `alaY `aruusi al-rusli [[3]] wa sayyidi kulli man laka
`alayhi sayaada:ti wa `alaY aaalihi wa sha_hbihi wa al-taabi`iina
lahum fiY al-_husnaY wa ziyaada:ti. ((waba`du))
~~~

al-_hamdu liLLAHi al-waa_hidi fiY dzaatihi wa shifaatihi al-ladziY ba`atsa sayyidinaa MUHAMMADaN
lil-khalqi bil-tau_hiidi bibaahiri aaayaatihi,
wa SWS `alaY `aruusi al-rusli [[3]] wa sayyidi kulli man laka `alayhi sayaada:ti
wa `alaY aaalihi wa sha_hbihi wa al-taabi`iina lahum fiY al-_husnaY wa ziyaada:ti. ((waba`du))

Diagrams

Modul Diagram yang sesuai dengan Embedded Domain-spesific Language (EDSL) dari modul Haskell diagrams dapat dimasukkan dengan jenis kelas [.diagram]. Implementasi fitur ini dapat dilihat pada [@fig:dia1]. Perlu diperhatikan pula bahwa dalam hal ini, aturan ukuran size tetap sesuai dengan aturan dalam gambar biasa.

~~~{#fig:dia1 .diagram size=0.4 caption="dari Diagrams"}
let x = circle 10
 in x
~~~

let t = circle 10
 in t

Menjalankan perintah eksternal

Secara umum, jenis kelas yang digunakan adalah [.script], kemudian secara berurutan diikuti dengan jenis kelas program delegasi (.py untuk Python). Keluaran perintah yang kita harapkan akan diindikasikan selanjutnya. Terdapat tiga pilihan untuk keluaran yang diharapkan, .img untuk gambar, .md untuk teks Markdown, dan .lib untuk library/modul. Terkhusus untuk library/modul, keluaran ini tidak akan menampilkan material apapun dalam dokumen. Untuk mengurangi pengulangan penulisan kode, kita dapat menyimpan fungsi tertentu sebagai library untuk kemudian disimpan dalam direktori _build/temp/lib dan dapat diakses oleh seluruh blok program terkait dalam bahasa tersebut di seluruh dokumen.

Berikut adalah contoh dari blok library:

~~~{.script .py .lib #fig:py}
#!/usr/bin/env python3

print("this is new block")
~~~

Dalam keadaan biasa, CodeBlock ini tidak akan muncul dalam dokumen PDF atau \latex yang dihasilkan. Kita dapat memilih untuk menampilkan satu baris deskripsi singkat bagi library ini dengan menambahkan variabel description. Jika variabel ini tiada, maka blok ini akan dianggap sebagai hidden-library. Blok ini akan tetap dapat diakses dari seluruh script, tapi tidak ada indikasi yang menunjukkan adanya library ini dalam dokumen PDF yang dihasilkan. Perlakuan yang lebih lengkap dapat dilakukan dengan menambahkan jenis kelas .show. Penambahan ini mengindikasikan bahwa script tersebut akan ditampilkan sebagai sebuah CodeBlock yang dilanjutkan dengan deskripsi. Contoh di bawah ini muncul dengan memakai awalan ~~~{.script .py .lib .show file="libPy1"}.

import subprocess

def sysrun(t,debug:bool=False):
    s = " ".join(t)
    res = subprocess.getoutput(s)
    if(debug):
        print(s)
        print(res)
    return res

description="This paragraph represents the description of the additional `libPy1` library that will be inserted into the pdf output. This description is held in a string variable named `description`. Any **valid markdown syntax** can be used. The `import` statement to `libPy1` will be prepended by pubsEngine, thus removed the necessity of explicit import in any scripts below."

Jenis kelas .md akan menampilkan teks yang selanjutnya diolah sebagai Markdown oleh pubsEngine. Dalam skenario ini, script yang ditulis harus mengeluarkan teks Markdown yang valid ke stdout. Penggunaan .md diprediksi akan banyak berperan dalam produksi tabel atau paragraf dinamis yang dapat menyesuaikan nilai berdasarkan hasil keluaran program eksternal.

~~~{.script .py .md caption="this is a table script"}
print("""
~~~{.multiTable #tbl:py}
| as | dd |
|----|----|
| dd | dd |
[Table: this is output of a python script]
~~~
""")
~~~

Teks di atas akan menghasilkan keluaran pada [@tbl:py]. Kita juga dapat menggunakan paket modul tabulate dari python. Program ini dapat menampilkan keluaran shell secara tertabulasi dengan tabulate -F ".3f" -f orgtable. Pada kasus ini, kita harus memasukkan sendiri baris judul tabel kita.

print('~~~{.multiTable #tbl:py notes=[@var:v2]}')
print("""
| as | dd |
|----|----|
| dd | dd |
[This is output of a python script]
""")
print("~~~")

Jenis kelas .img akan mengindikasikan bahwa script yang ditulis akan menghasilkan suatu gambar. Ini berarti, script yang kita buat akan menjalankan proses di luar program dan harus menghasilkan suatu berkas gambar di dalam direktori _build/auto dengan menggunakan nama berkas yang sesuai dengan variabel file. Tentu penulis bertanggung-jawab untuk menjaga konsistensi keberadaan nama berkas ini. Implementasi gambar ini dapat dilihat pada [@fig:py].

~~~{.script .py .img #fig:py caption="image from a python script"
size=0.6 file=pyImage}

# fungsi sysrun telah didefinisikan dalam .lib libPy1 di atas.
sysrun(["wget 'https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons
/thumb/2/2c/Bismillah.svg/640px-Bismillah.svg.png'
-O _build/auto/pyImage.png"])
~~~

sysrun(["wget 'https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/2/2c/Bismillah.svg/640px-Bismillah.svg.png' -O _build/auto/pyImage.png"])

Kadang menuliskan script dalam berkas utama di dalam CodeBlock memunculkan ketidak-nyamanan dan kesan berantakan. Oleh sebab itu, kita dapat menyimpan script ini pada berkas lain, dan memasukkannya ke dalam manuskrip utama dengan sekaligus menyertakan teks gambar. implementasi mekanisme ini dapat dilihat dalam [@fig:pySrc].

~~~{.script .py .img #fig:pySrc size=0.6
src=script/pyScript1.py file=pyImageS}
Gambar ini muncul sebagai hasil program yang tersimpan di
pyScript1.py dan dijalankan dengan penambahan `src`.
~~~

Gambar ini muncul sebagai hasil program yang tersimpan di pyScript1.py dan dijalankan dengan penambahan `src`.

Aturan yang sama juga berlaku untuk .img .md .lib bagi program SHELL (.sh). Jenis shell yang dijalankan oleh pubsEngine adalah zsh. Library untuk shell akan tersimpan dalam _build/temp/lib/sh. Kita dapat melihat implementasi script .sh dalam [@fig:shImage].

wget "https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/fa/Bismillah_Calligraphy_37.svg/1200px-Bismillah_Calligraphy_37.svg.png" -O _build/auto/shImage.png

Mekanisme yang sama juga telah terimplementasi untuk GNUplot dengan memakai jenis kelas .gnuplot.

Diagram Mermaid

Untuk menjalankan fitur ini, kita harus memastikan program Mermaid telah tersimpan dan dapat terakses dalam $PATH dengan perintah mermaid. Proses pemasangan program Mermaid dalam lingkungan Linux biasanya meliputi:

npm install @mermaid-js/mermaid-cli
ln -sf  ~/node_modules/.bin/mmdc ~/.local/bin/mermaid

Diagram Mermaid pada [@fig:mermaid] ditampilkan dengan perintah sebagai berikut:

~~~{.mermaid #fig:mermaid caption="new mermaid"
file=mermaidExample size=0.6}
sequenceDiagram
    participant Alice
    participant Bob
    Alice->John: Hello John, how are you?
    loop Healthcheck
        John->John: Fight against hypochondria
    end
    Note right of John: Rational thoughts <br/>
      prevail...
    John-->Alice: Great!
    John->Bob: How about you?
    Bob-->John: Jolly good!
~~~

sequenceDiagram
    participant Alice
    participant Bob
    Alice->John: Hello John, how are you?
    loop Health-check
        John->John: Fight against hypochondria
    end
    Note right of John: Rational thoughts <br/>prevail...
    John-->Alice: Great!
    John->Bob: How about you?
    Bob-->John: Jolly good!

Diagram PlantUML

Diagram yang lebih kompleks dapat ditampilkan dengan PlantUML. Implementasi skema ini bisa kita temui pada [@fig:PlantUML]. Gambar tersebut diperoleh melalui CodeBlock dengan jenis kelas ~~~{.uml #fig:PlantUML caption="Diagram dari PlantUML"}. Perhatikan bahwa @startuml dan @enduml yang umumnya ada pada awal dan akhir input program PlantUML dihilangkan dari script ini. Perintah tersebut akan ditambahkan oleh pubsEngine ketika kompilasi.

left to right direction
actor Guest as g
package Professional {
  actor Chef as c
  actor "Food Critic" as fc
}
package Restaurant {
  usecase "Eat Food" as UC1
  usecase "Pay for Food" as UC2
  usecase "Drink" as UC3
  usecase "Review" as UC4
}
fc --> UC4
g --> UC1 #red;line.bold;text:red : eating
g --> UC2 #green;line.dashed;text:green : paying
g --> UC3 #blue;line.dotted;text:blue : drinking

Diagram GoJS

Demi fleksibilitas dan dukungan jenis diagram yang lebih kaya, kita bisa memakai GoJS. Fitur ini memungkinkan kita menyusun diagram yang sangat kompleks. Jika dibandingkan dengan Diagrams dari lingkungan Haskell, maka fitur GoJS diharapkan dapat mempermudah proses penyesuaian bagi penulis yang telah memiliki sedikit pemahaman dalam bahasa pemrograman imperatif, terutama javaScript/nodeJS. Implementasi pada [@fig:goJS] adalah hasil dari kode berikut.

~~~{.gojs .show #fig:goJS size=0.9 src=script/goJSmodel.js
file=goJSImage}
This is GoJS image text that would be shown as a caption.
~~~

This is GoJS image text that would be shown as a caption.

Penulis perlu memastikan beberapa syarat yang diperlukan untuk menjalankan fitur/model ini. Di balik layar, pubsEngine akan menjalankan paket program puppeteer dan pdfkit. Kedua program ini dapat diinistall dalam lingkungan nodeJS. Modul GoJS disediakan sebagai obyek modul go. Variabel $ mengindikasikan go.GraphObject.make. Nama diagram yang dicetak harus sebagai myDiagram. Di akhir proses, pubsEngine hanya akan menampilkan diagram yang diberi nama myDiagram. Jika diagram yang dibuat adalah komposisi dari beberapa diagram, maka hirarki data harus disusun di bawah myDiagram.

Diagram Feynman

Diagram Feynman didasarkan pada modul \latex bernamaFeynMP. Penulis dipersilakan untuk membaca kembali dokumentasi modul tersebut untuk memahami detil perintahnya. Perlu dicatat, bahwa blok gambar FeynMP dalam dokumen ini selanjutnya akan dimasukkan oleh pubsEngine ke lingkungan \begin{math}...\end{math} di dokumen \latex akhir. Contoh implementasi diagram Feynman dalam dilihat di [@fig:FeynMP] yang dihasilkan oleh blok berikut.

~~~{.feynmp caption="test feynman diagram" #fig:FeynMP}
    \begin{gathered}
      \begin{fmfgraph*}(65,50) %size 65,50
        \fmfleft{i1,i2}
        \fmfright{o1,o2}
        \fmf{fermion}{i1,v1,o1}
        \fmf{fermion}{i2,v2,o2}
        \fmf{photon}{v1,v2}
      \end{fmfgraph*}
    \end{gathered}=-i\lambda
~~~

    \begin{gathered}
      \begin{fmfgraph*}(65,50) %size 65,50
        \fmfleft{i1,i2}
        \fmfright{o1,o2}
        \fmf{fermion}{i1,v1,o1}
        \fmf{fermion}{i2,v2,o2}
        \fmf{photon}{v1,v2}
      \end{fmfgraph*}
    \end{gathered}=-i\lambda

Integrasi bibliografi dengan Zotero

Keterhubungan dengan Zotero dapat disambungkan melalui addon Better BibTeX. Setelah proses pemasangan addon ini selesai di dalam Zotero, pubsEngine dapat mengambil secara otomatis seluruh data bibliografi bagi koleksi yang sebelumnya sudah diatur dalam variabel yaml bibzotero. pubsEngine akan mengambil koleksi tersebut dari group pertama (umumnya bernama My Library). Aplikasi Zotero perlu dijalankan terlebih dahulu, sebelum pubsEngine dipanggil untuk mengolah data. Pada akhir cerita, pubsEngine akan menyimpan .bib yang diperlukan dalam direktori _build. Proses \latex akan berjalan seperti biasa setelah tahap penyimpanan bibliografi ini.

Blok Variabel

Suatu teks dapat dianggap sebagai variabel dengan mendefinisikan Div dengan jenis kelas .var .namaVariabel dan kemudian dapat dimunculkan dengan notasi rujukan [@var:namaVariabelInline].

:::{.var .v2} This text V2 segment can be inserted in any part of the other text. :::

:::{.var .v1}
*This text segment can be inserted in any part of the other text.*
:::

:::{.var .v1} This text segment can be inserted in any part of the other text. :::

Potongan teks variabel di atas dapat kita munculkan di sini dengan perintah [@var:v1]. [@var:v1] Kemudian teks ini adalah lanjutan dari teks sebelumnya.

Blok khusus untuk Acknowledgements, Software, Facilities, dan Appendix

Blok jenis ini dapat kita atur kemunculannya. Blok dengan kelas jenis :::{.acknowledgements .show} akan muncul seketika di lokasi yang sama tempat dia dituliskan. Jika .show kita hilangkan, maka penempatan blok ini akan disesuaikan dengan lokasi di dalam template dokumen.

Presentasi dan Poster (Beamer)

Bagi fitur ini, kita dapat menggunakan dua jenis CodeBlock. Untuk Blok teks, kita dapat memakai ~~~{.textblock w=150pt pos=(140pt,160pt)}. Untuk catatan/notes dalam beamer yang tidak muncul dalam layar presentasi, kita bisa memakai ~~~{note}.

Keluaran pubsEngine

Kita dapat memilih beberapa jenis keluaran bagi manuskrip yang kita susun.

Thesis

Keluaran ini berbentuk dokumen PDF yang memenuhi format thesis. Format ini diturunkan dari template Masters/Doctoral Thesis.

Article

Keluaran ini berbentuk dokumen PDF yang memenuhi format artikel. Format ini diturunkan dari template yang telah disediakan oleh American Astronomical Society melalui format \latex yang diterbitkan sebagai sebuah modul AASTeX. Dokumen \latex yang dihasilkan dalam direktori _build adalah dokumen \latex siap proses dengan lualatex namafile.tex. Penulis dapat langsung menyimpan isi direktori tersebut dalam suatu berkas .zip dan mengirimkannya ke penerbit untuk diproses atau dikomentari.

Presentasi Web (RevealJS)

Fitur presentasi Web didasarkan pada RevealJS. Hasil pemrosesan pubsEngine di dalam direktori _build dapat langsung dibuka dengan web-browser, mis. firefox manuscript.html. Direktori ini dapat juga langsung dipakai untuk disajikan dalam web-server.

Perintah \latex

Pandoc dapat memahami seluruh perintah \latex apa adanya tanpa pengubahan apapun. Kebebasan ini memungkinkan penulis untuk memasukkan fitur-fitur \latex langsung ke dalam dokumen jika fitur tersebut tidak dapat disajikan melalui pubsEngine.

Fitur Khusus bagi Setiap Jenis Keluaran

Keluaran tipe Buku (Book) {image=seaside height=7.5cm}

Keluaran tipe ini didasarkan pada template \latex yang dikenal sebagai kaobook. Beberapa fitur yang telah diaktifkan antara lain:

Penambahan partisi halaman dengan menggunakan Judul tingkat 1 dengan jenis kelas .partition, sebagai contoh: # Fitur Khusus bagi Setiap Tipe Keluaran {.partition style=kao}.

Pemilihan tipe layout kepala Judul Bab tingkat 1 melalui variabel style. Tipe yang tersedia antara lain plain, kao, bar, lines. Secara default, tipe yang terpilih adalah kao.

Penambahan gambar pada kepala Judul Bab tingkat 1 bisa dilakukan dengan menambahkan variabel image, misalnya # Keluaran tipe Buku {image=seaside}. Gambar ini selalu merentang lebar halaman dan memiliki ketinggian sesuai variabel height, atau mengikuti standar 7.5cm. Penambahan gambar akan memaksa layout judul Bab menjadi bar.

Penggunaan sidenote[-0.5em @sidenote Sidenote ini akan berubah menjadi catatan kaki biasa pada tipe keluaran selain book]. Catatan samping ini dapat digeser ke atas atau ke bawah dengan menambahkan ukuran standard \latex di awal kode (em,pt, dsb.). Berikut adalah contoh dengan pergeseran ke atas sebesar 0.5em: [-0.5em @sidenote Sidenote ini akan ...]

Penggunaan marginnote untuk sidenote yang tidak perlu penomoran[@marginnote Ini adalah marginnote yang tak perlu penomoran, perilakunya mirip dengan sidenote.]. Mirip sidenote, di sini juga berlaku aturan penggeseran vertikal. Untuk marginnote tanpa pergeseran, kita bisa tuliskan [@marginnote Ini adalah ...]

| Dalam keluaran Buku ini, diperkenalkan pula bentuk kotak keterangan dengan menggunakan Div berjenis kelas | :::{.kaobox title="Implementasi KaoBox"}.

:::{.kaobox title="Implementasi KaoBox"} Ini adalah contoh implementasi untuk kaobox. Kita bisa tampilkan kotak ini sebagai paragraf dengan banyak kalimat.

Kita juga bisa memasukkan beberapa paragraf ke dalam kotak ini.

$$ x^2 + y^2 = r^2 $$

Tidak kalah penting, kita juga bisa memasukkan persamaan matematika. Meski demikian, akan lebih baik jika kita menggunakan fasilitas lain yang lebih tepat untuk persamaan matematika pada pembahasan tentang Kotak Matematika. :::

Bab Preface adalah bab khusus dalam suatu buku yang biasanya muncul sebelum Daftar Isi. Kita bisa memasukkan bab pengantar ini dengan menambahkan Div :::{.preface title="Pengantar"}.

Kotak Matematika

Mengingat bahwa terdapat berbagai jenis deklarasi dalam suatu dokumen matematika, maka layak kiranya deklarasi ini dikhususkan dalam satu jenis kelas tertentu (.math). Di dalam jenis kelas .math, kita dapat bagi lagi menjadi beberapa jenis deklarasi, antara lain: definition, theorem, proposition, lemma, corollary, proof, example, remark, dan exercise. Salah satu contoh penggunaannya adalah dengan memakai Div seperti :::{.math .theorem}. Berikut adalah berbagai contoh kotak matematika.

:::{.math .definition #ref-math:def1} \labdef{def1} Let $(X, d)$ be a metric space. A subset $U \subset X$ is an open set if, for any $x \in U$ there exists $r > 0$ such that $B(x, r) \subset U$. We call the topology associated to d the set $\tau\textsubscript{d}$ of all the open subsets of $(X, d).$ :::

Kita dapat merujuk [@math:def1] dengan cara [@math:def1]. Rujukan ini tentu akan kita lakukan di dalam paragraf.

:::{.math .theorem} A finite intersection of open sets of (X, d) is an open set of (X, d), i.e $\tau\textsubscript{d}$ is closed under finite intersections. Any union of open sets of (X, d) is an open set of (X, d). :::

:::{.math .proposition} A finite intersection of open sets of (X, d) is an open set of (X, d), i.e $\tau\textsubscript{d}$ is closed under finite intersections. Any union of open sets of (X, d) is an open set of (X, d). [@marginnote You can even insert notes inside the theorem environments; they will be displayed at the bottom of the box.] :::

:::{.math .lemma} A finite intersection\footnote{I'm a footnote} of open sets of (X, d) is an open set of (X, d), i.e $\tau\textsubscript{d}$ is closed under finite intersections. Any union of open sets of (X, d) is an open set of (X, d). :::

:::{.math .corollary title="Finite Intersection, Countable Union"} A finite intersection of open sets of (X, d) is an open set of (X, d), i.e $\tau\textsubscript{d}$ is closed under finite intersections. Any union of open sets of (X, d) is an open set of (X, d). :::

:::{.math .proof} The proof is left to the reader as a trivial exercise. Hint: \blindtext :::

Jika kita ingin memiliki marginnote dalam bentuk paragraf, maka kita perlu menyimpan marginnote tersebut dalam suatu jenis kelas Div semacam :::{.marginnote offset=-0.5em}.

:::{.marginnote} Here is a random equation, just because we can:

\begin{equation*} x = a_0 + \cfrac{1}{a_1 + \cfrac{1}{a_2 + \cfrac{1}{a_3 + \cfrac{1}{a_4} } } } \end{equation*} :::

:::{.math .example} Let $(X, d)$ be a metric space. A subset $U \subset X$ is an open set if, for any $x \in U$ there exists $r > 0$ such that $B(x, r) \subset U$. We call the topology associated to d the set $\tau\textsubscript{d}$ of all the open subsets of $(X, d).$ :::

:::{.math .remark} Let $(X, d)$ be a metric space. A subset $U \subset X$ is an open set if, for any $x \in U$ there exists $r > 0$ such that $B(x, r) \subset U$. We call the topology associated to d the set $\tau\textsubscript{d}$ of all the open subsets of $(X, d).$ :::

:::{.math .exercise} Prove (or disprove) the Riemann hypothesis. :::

Keluaran tipe Thesis

Beberapa hal khusus dalam keluaran tipe Thesis

:::{.acknowledgements}

Kami mengucapkan terima-kasih pada seluruh pihak yang telah membantu mewujudkan program pubsEngine ini. Termasuk di antara mereka adalah ...

:::

:::{.appendix}

[@include:include/appendix1]

[@include:include/appendix2]

:::

---

1. Abstrak ini juga bisa memiliki footnote. ↩︎

2. Catatan kaki sederhana ↩︎

3. Catatan ini cukup panjang. Mengandung beberapa paragraf. ↩︎