parser.add_argument('-i','--input',type=str,default='geom.xyz',help='Input geometri dalam koordinat Cartesian')
parser.add_argument('-cons','--constraints',type=str,default='None',help='Membekukan ikatan, sudut ikatan, dan sebagainya selama proses optimasi geometri. Periksa manual Orca 5.0 lebih lanjut mengenai ini.')
parser.add_argument('-m','--method',type=str,default='XTB2',help='Metode yang digunakan dalam perhitungan. Pilihan: XTB, XTB2, DFTB, DFTB2, DFTB3-diag, dan sebagainya.')
parser.add_argument('-para','--parapath',type=str,default='/Users/adit/opt/dftbplus/external/slakos/origin/3ob-3-1',help='Lokasi folder berisikan himpunan parameter DFTB yang akan digunakan.')
parser.add_argument('-iter','--iter',type=int,default=9999,help='Jumlah iterasi dalam optimasi geometri dan jenis perhitungan lainnya')
parser.add_argument('-ens','--ensembel',type=str,default='NVE',help='Ensembel yang digunakan dalam simulasi dinamika molekul. Pilihan: NVE, NVT, dan NPT.')
parser.add_argument('-tstat','--thermostat',type=str,default='andersen',help='Termostat yang digunakan dalam simulasi NVT. Pilihan: andersen,berendsen,dan nose')
parser.add_argument('-t','--temp',type=str,default='298.15',help='Suhu yang digunakan dalam perhitungan frekuensi maupun simulasi MD dan perhitungan frekuensi dalam satuan Kelvin.')
parser.add_argument('-dt','--deltat',type=float,default=1.0,help='Selang waktu integrasi dalam simulasi dinamika molekul dalam satuan femtodetik.')
parser.add_argument('-mdprint','--mdprint',type=int,default=10,help='Berapa step sekali struktur dicetak. Default=10.')
parser.add_argument('-rest','--restart',type=str,default='false',help='Apakah dilakukan restart simulasi MD?')
# Input yang berkaitan dengan penyiapan sistem larutan
parser.add_argument('-mt','--terlarut',type=str,help='Nama file molekul terlarut dalam format .xyz (ditulis tanpa ekstensi).')
parser.add_argument('-ct','--c_terlarut',type=str,help='Muatan bersih molekul terlarut.',default=0)
parser.add_argument('-pt','--persen_terlarut',type=str,default=50,help='Persen massa terlarut. Jika lebih dari satu terlarut, pisahkan dengan koma.')
parser.add_argument('-pp','--persen_pelarut',type=str,default=50,help='Persen massa pelarut. Default:50')
parser.add_argument('-l','--lapang',type=float,default=5,help='Panjang tambahan (Angstrom) pada rusuk kubus untuk menghindari bad contact. Default: 10.0.')
parser.add_argument('-traj','--traject',type=str,default='../NVT/traject',help='File trayektori dari simulasi sebelumnya')
parser.add_argument('-vel','--velocity',type=str,default='../NVT/velocity',help='File kecepatan atom dari simulasi sebelumnya')
parser.add_argument('-inp','--dftbinp',type=str,default='../NVT/dftb.inp',help='File dftb.inp dari simulasi sebelumnya.')
# Opsi untuk dinding potensial virtual
parser.add_argument('-soft','--soft',type=str,default='false',help='Apakah dinding potensial akan digunakan?. Pilihan: true, false.')
parser.add_argument('-softtype','--softtype',type=str,default='SPHERE',help='Jenis dinding apakah yang akan anda pakai? Baca lebih lanjut manual DCDFTBMD.')
parser.add_argument('-softrange','--softrange',type=float,default=10,help='Ukuran dinding potensial yang anda gunakan. Default = 10 angstrom')
parser.add_argument('-softcenter','--softcenter',type=str,default='COM',help='Jenis pusat koordinat dinding potensial. Default = COM')
parser.add_argument('-metarest','--metarest',type=str,default='false',help='Apakah dilakukan restart simulasi metadinamika?. Pilihan: true, false.')
parser.add_argument('-metafreq','--metafreq',type=int,default=100,help='Dalam berapa step sekali potensial Gaussian ditambahkan?')
parser.add_argument('-metaheight','--metaheight',type=float,default=3.0e-3,help='Ketinggian potensial Gaussian dalam satuan Hartree. Default = 3.0e-3')
parser.add_argument('-metawidth','--metawidth',type=float,default=0.1,help='Lebar potensial Gaussian yang digunakan (dalam satuan yang sama dengan satuan cv). Default = 0.1')
parser.add_argument('-pow1','--pow1',type=float,default=6,help='Nilai pangkat pertama pada definisi bilangan koordinasi rasional. Default = 6')
parser.add_argument('-pow2','--pow2',type=float,default=12,help='Nilai pangkat kedua pada definisi bilangan koordinasi rasional. Default = 12')
parser.add_argument('-rcut','--rcut',type=float,default=1.6,help='Jarak cutoff pada definisi bilangan koordinasi dalam satuan angstrom. Default = 1.6')
parser.add_argument('-ag1','--ag1',type=str,help='Grup atom pertama dalam sebuah CV.')
parser.add_argument('-ag2','--ag2',type=str,help='Grup atom kedua dalam sebuah CV.')
parser.add_argument('-ag3','--ag3',type=str,help='Grup atom ketiga dalam sebuah CV.')
parser.add_argument('-ag4','--ag4',type=str,help='Grup atom keempat dalam sebuah CV.')
# Input terkait DC setup
parser.add_argument('-bufrad','--bufrad',type=float,default=3.0,help='Radius buffer yang digunakan dalam sebuah subsistem. Default: 3.0')
parser.add_argument('-delta','--delta',type=float,default=3.0,help='Panjang rusuk kubus virual yang dibuat untuk membelah-belah subsistem. Default: 3.0')
parser.add_argument('-opttype','--opttype',type=str,default='bfgs',help='Jenis algoritma optimasi geometri yang digunakan dalam program DFTBUP maupun DCDFTBMD. Default: bfgs. Pilihan: sd, cg, qm, fire.')
parser.add_argument('-freqtype','--freqtype',type=int,default=1,help='Jenis perhitungan frekuensi vibrasi yang dilakukan, analitik (1) atau numerik (2). Default: 1, pilihan: 2.')
parser.add_argument('-solvtype','--solvtype',type=str,default='CPCM',help='Model pelarut implisit yang digunakan. Pilihan: CPCM, CPCMC, GBSA,dan GBSA.')
parser.add_argument('-cpcmsurf','--cpcmsurface',type=str,default='VDW',help='Pilihan model skema muatan titik dalam pemodelan pelarut implisit. Pilihan: VDW dan SES.')
parser.add_argument('-draco','--draco',type=bool,default=False,help='Apakah ingin menggunakan model DRACO? Default: False.')
parser.add_argument('-draco_c','--draco_charges',type=str,default='eeq',help='Pilihan tipe muatan dalam model DRACO. Default: eeq, pilihan lain: ceh.')
# Input for the solvator module in Orca6
parser.add_argument('-solvator','--solvator',type=bool,default=False,help='Apakah ingin menggunakan pelarut explisit? Default: False.')
parser.add_argument('-nsolv','--nsolv',type=int,default=5,help='Jumlah pelarut yang digunakan dalam model pelarut eksplisit. Default: 5.')
parser.add_argument('-solventfile','--solventfile',type=str,default='none',help='File pelarut yang digunakan jika digunakan pelarut yang tidak ada dalam model ALPB.')
parser.add_argument('-randomsolv','--randomsolv',type=str,default='True',help='Apakah pelarut diletakkan secara sangat acak? Default: False.')
parser.add_argument('-fixsolute','--fixsolute',type=str,default='True',help='Apakah posisi terlarut tidak berubah selama proses solvasi. Default: True.')
parser.add_argument('-use_eeq','--use_eeq',type=str,default='True',help='Apakah akan digunakan model muatan EEQ dalam model Stochastic? Default: True.')
parser.add_argument('-droplet','--droplet',type=str,default='False',help='Apakah ingin dibuat model droplet? Default: False.')
parser.add_argument('-nrepeatguest','--nrepeatguest',type=int,default=1,help='Jumlah ligan yang akan dilibatkan dalam docking. Default: 1.')
parser.add_argument('-cumulativeguest','--cumulativeguest',type=str,default='False',help='Update file ligan yang akan didocking. Default: False.')
parser.add_argument('-fixhost','--fixhost',type=str,default='False',help='Struktur host tidak dioptimasi? Default: False.')
parser.add_argument('-evpes','--evpes',type=str,default='GFNFF',help='Pilihan metode dalam proses docking. Default: GFNFF. Pilihan: GFNFF, GFN0XTB, GFN1XTB, GFN2XTB.')
parser.add_argument('-nopt','--nopt',type=int,default=10,help='Jumlah struktur yang akan dioptimasi setelah proses docking. Default: 10.')
parser.add_argument('-no_opt','--no_opt',type=str,default='False',help='Tidak melakukan optimasi setelah proses docking. Default:False.')
parser.add_argument('-goat_opt_iter','--goat_opt_iter',type=int,default=256,help='Jumlah maksimum optimasi geometri per iterasi GOAT. Default: 256.')
parser.add_argument('-skip_initopt','--skip_initopt',type=str,default='False',help='Skip optimasi geometri sebelum melakukan GOAT. Default: False.')
parser.add_argument('-randomseed','--randomseed',type=str,default='True',help='Melakukan sampling random number dalam GOAT? Default: True.')
parser.add_argument('-readensemble','--readensemble',type=str,default='none',help='File (jika ada) ensemble konformer dengan format seperti halnya output GOAT.')
parser.add_argument('-autowall','--autowall',type=str,default='False',help='Menambahkan dinding potensial (sekitar 5 angstrom dari pusat massa molekul) secara otomatis di sekitar molekul. Default: False.')
parser.add_argument('-mintemplist','--mintemplist',type=str,default='none',help='Isikan 4 bilangan dipisahkan dengan koma untuk mendefinisikan suhu untuk menginisiasi basic workers. Jika tidak tahu tidak perlu diisi.')
parser.add_argument('-nworkers','--nworkers',type=str,default='AUTO',help='Jumlah worker yang digunakan. Default: AUTO. Pilihan: Bilangan kelipatan 4 (jumlah temperature untuk menginisiasi worker).')
parser.add_argument('-maxitermult','--maxitermult',type=str,default='none',help='Jumlah pengali optimasi geometri per worker. Isikan suatu bilangan jika dibutuhkan.')
parser.add_argument('-worker_randstart','--worker_randstart',type=str,default='True',help='Memulai worker secara acak. Default: True.')
parser.add_argument('-up_atoms','--uphill_atoms',type=str,default='none',help='Hanya melakukan GOAT untuk atom tertentu saja. Misal, jika hanya atom 1-3, 5, dan 14, maka tuliskan dalam kurung kurawal angka 0:2, 4, 13.')
parser.add_argument('-gfn_up','--gfn_uphill',type=str,default='GFNFF',help='Metode XTB yang digunakan untuk memvariasikan konformer. Default: GFNFF. Pilihan: GFN0XTB, GFN1XTB, GFN2XTB.')
parser.add_argument('-align','--align',type=str,default='False',help='Membandingkan energi konformer dengan energi konformer terrendah. Default: False.')
parser.add_argument('-en_diff','--en_diff',type=float,default=0.5,help='Perbedaan energi antar konformer dalam kcal/mol. Default: 0.5.')
parser.add_argument('-max_en','--max_en',type=float,default=6.0,help='Energi maksimum konformer (kcal/mol) yang akan dicari. Default: 6.0.')
parser.add_argument('-max_S','--max_entropy',type=str,default='False',help='Apakah ingin menjadikan nilai energi bebas untuk kriteria konvergensi GOAT? Default: False.')
parser.add_argument('-conf_temp','--conf_temp',type=float,default=298.15,help='Suhu (Kelvin) yang digunakan dalam perhitungan energi bebas. Default: 298.15.')
parser.add_argument('-min_delta_S','--min_delta_S',type=float,default=0.1,help='Perbedaan entropi (cal/mol/K) minimal untuk mendefinisikan kondisi konvergensi GOAT. Default: 0.1.')
parser.add_argument('-conf_degen','--conf_degen',type=str,default='AUTO',help='Jumlah kondisi degenerasi konformer. Default: AUTO. Pilihan: Bilangan bulat, misalkan 2 atau berapapun. Bisa juga diisi sebagai: AUTO, AUTOMAX.')
parser.add_argument('-free_heteroatoms','--free_heteroatoms',type=str,default='False',help='Merelaksasi semua atom selain H dan C. Default: False.')
parser.add_argument('-free_nonh_atoms','--free_nonh_atoms',type=str,default='False',help='Merelaksasi semua atom non hidrogen. Default: False.')
parser.add_argument('-freeze_bonds','--freeze_bonds',type=str,default='True',help='Membekukan ikatan selama proses GOAT. Default: True.')
parser.add_argument('-freeze_angles','--freeze_angles',type=str,default='False',help='Membekukan sudut ikatan selama proses GOAT. Default: False.')
parser.add_argument('-freeze_cistrans','--freeze_cistrans',type=str,default='False',help='Membekukan isomer cis-trans selama proses GOAT. Default: False.')
parser.add_argument('-freeze_amides','--freeze_amides',type=str,default='False',help='Membekukan gugus amida selama proses GOAT. Default: False.')
parser.add_argument('-maxcoordnum','--maxcoordnum',type=str,default='none',help='Jumlah maksimal bilangan koordinasi dalam format LabelAtom1,BilanganKoordinasi1,LabelAtom2,BilanganKoordinasi2,dst. Default: none.')
parser.add_argument('-max_topo_diff','--max_topo_diff',type=str,default='none',help='Jumlah maksimum perbedaan topologi jika diinginkan. Default: none.')
parser.add_argument('-alp','--alp',type=float,default=1.2,help='Lebar potensial Gaussian dalam satuan Angstrom. Default: 1.2 Angstrom.')
# Scanning geometri menggunkaan xTB standalone
parser.add_argument('-dist','--distance',type=str,default='None',help='Jarak antara dua buah atom dalam format: Serial1,Serial2,Jarak. Contoh: 4,1,1.5.')
parser.add_argument('-ang','--angle',type=str,default='None',help='Sudut antara tiga buah atom dalam format: Serial1,Serial2,Serial3,Sudut. Contoh: 4,1,3,180.')
parser.add_argument('-dih','--dihedral',type=str,default='None',help='Sudut dihedral antara empat buah atom dalam format: Serial1,Serial2,Serial4,Dihedral. Contoh: 4,1,3,2,120.')
parser.add_argument('-scanmode','--scanmode',type=str,default='None',help='Mode scan geometri yang diinginkan. Pilihan: concerted, sequential.')
parser.add_argument('-scan','--scan',type=str,default='None',help='Rentang Scanning dalam format: Titik1,Titik2,JumlahTitik. Contoh:2.5,1.0,100.')
# Konstrain dan Fixing Atom pada Program XTB Standalone
parser.add_argument('-fixatm','--fixedatoms',type=str,default='None',help='Label atom-atom yang dibuat fix.')
parser.add_argument('-fixele','--fixedelements',type=str,default='None',help='Simbol unsur atom yang dibuat fix.')
# Input untuk perhitungan NEB
parser.add_argument('-produk','--produk',type=str,help='Struktur produk yang digunakan dalam interpolasi NEB dalam format koordinat Cartesian.')
parser.add_argument('-trans','--transitionstate',default='None',type=str,help='Struktur perkiraan keadaan transisi yang digunakan dalam format koordinat Cartesian.')
parser.add_argument('-ocsstr','--ocsstr',type=str,default='true',help='Menghitung osscilator strength dan momen dipol transisi elektronik.')
parser.add_argument('-wt','--writetrans',type=str,default='true',help='Menulis informasi detail mengenai transisi elektronik yang terjadi.')
parser.add_argument('-lc','--longrange',type=str,default='false',help='Apakah akan dilakukan koreksi interaksi jarak jauh.')
# Input untuk metode multiskala
parser.add_argument('-qmatoms','--qmatoms',type=str,default='None',help='Indeks dari atom-atom di lapisan QM. Indeks dimulai dari nol.')
parser.add_argument('-activeatoms','--activeatoms',type=str,default='1:-1',help='Indeks atom aktif yang digunakan untuk perhitungan.')
parser.add_argument('-hessfile','--hessfile',type=str,default='None',help='File Hessian hasil optimasi geometri atau berbagai perhitungan sebelumnya.')
parser.add_argument('-tc','--totalcharge',type=int,default=0,help='Muatan total molekul.')
parser.add_argument('-tmult','--totalmult',type=int,default=1,help='Multiplisitas spin total molekul.')
parser.add_argument('-qm2method','--qm2method',type=str,default='None',help='Custom method untuk lapisan QM2')
parser.add_argument('-qm2basis','--qm2basis',type=str,default='None',help='Custom himpunan basis untuk lapisan QM2')
# Informasi input padatan
parser.add_argument('-kpts','--kpts',type=str,default='1x1x1',help='Informasi K-points yang digunakan. Ditulis sebagai: 1x1x1, 2x2x2, dsb.')
# Input terkait perhitungan Atom in Molecules
parser.add_argument('-aim','--aim',type=str,default='false',help='Apakah akan dilakukan perhitungan AIM untuk interaksi non-kovalen?')
parser.add_argument('-pseudo','--pseudo',type=str,default='/home/adit/opt/qe-7.0/pseudo',help='Folder tempat menyimpan file pseudo potential.')
parser.add_argument('-outdir','--outdir',type=str,default='./out',help='Folder tempat menyimpan output.')
parser.add_argument('-unit','--unit',type=str,default='angstrom',help='Satuan yang digunakan dalam mendefinisikan parameter sel dan posisi atom. Default: angstrom. Pilihan: angstrom, bohr')
parser.add_argument('-bravais','--bravais',type=int,default=0,help='Indeks Bravais yang diperlukan untuk mengidentifikasi kristal pada software Quantum-Espresso.')
parser.add_argument('-ecutwfc','--ecutwfc',type=float,default=60.0,help='Cutoff energi kinetik untuk fungsi gelombang dalam satuan Ry. Default: 60.0 Ry.')
parser.add_argument('-ecutrho','--ecutrho',type=float,default=720.0,help='Cutoff energi kinetikr untuk rapat muatan dan potensial. Default: 720.0 Ry.')
parser.add_argument('-mix','--mixing_beta',type=float,default=0.7,help='Koefisien mixing untuk self-consistency.')
parser.add_argument('-conv_thr','--conv_thr',type=float,default=1e-8,help='Batas nilai konvergensi.')
parser.add_argument('-dftfunc','--dftfunc',type=str,default='pbe',help='Fungsional DFT yang digunakan. Default: pbe')
parser.add_argument('-extpseudo','--extpseudo',type=str,default='UPF',help='Ekstensi dari file pseudopotensial. Default: UPF.')
parser.add_argument('-cpress','--cellpress',type=float,default=0.0,help='Tekanan sel dalam satuan kilobar yang digunakan dalam Quantum-Espresso. Default:0.0.')
parser.add_argument('-press_conv','--press_conv_thr',type=float,default=0.5,help='Kriteria konvergensi untuk tekanan sel. Default=0.5 kbar.')
parser.add_argument('-nband','--nband',type=int,default=8,help='Jumlah tingkat energi yang ingin diplot dalam DOS.')